Kryerja e katër analizave të amplifikimit të acidit nukleik për të identifikuar SARS-CoV-2 në Etiopi

Faleminderit që vizituat Nature.com. Po përdorni një version të shfletuesit me mbështetje të kufizuar CSS. Për përvojën më të mirë, ju rekomandojmë të përdorni një shfletues të përditësuar (ose të çaktivizoni Modalitetin e Përputhshmërisë në Internet Explorer). Përveç kësaj, për të siguruar mbështetje të vazhdueshme, ne e shfaqim faqen pa stile dhe JavaScript.
Shfaq një karusel me tre diapozitiva njëherësh. Përdorni butonat "Më parë" dhe "Më pas" për të lëvizur midis tre diapozitivave njëherësh, ose përdorni butonat e rrëshqitësit në fund për të lëvizur midis tre diapozitivave njëherësh.
Që nga shpërthimi i sëmundjes së koronavirusit (COVID-19) në vitin 2019, shumë teste komerciale të amplifikimit të acidit nukleik (NAAT) janë zhvilluar në të gjithë botën dhe janë bërë analiza standarde. Edhe pse disa teste u zhvilluan dhe u aplikuan shpejt në testet diagnostikuese laboratorike, performanca e këtyre testeve nuk është vlerësuar në një sërë mjedisesh. Prandaj, ky studim synonte të vlerësonte performancën e analizave Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI dhe Sansure Biotech duke përdorur Standardin Referues të Përbërë (CRS). Studimi u krye në Institutin e Shëndetit Publik Etiopian (EPHI) nga 1 deri më 30 dhjetor 2020. 164 mostra nazofaringeale u nxorën duke përdorur mini kitin QIAamp RNA dhe sistemin e përgatitjes së mostrës së ADN-së Abbott. Nga 164 mostra, 59.1% ishin pozitive dhe 40.9% ishin negative për CRS. Pozitiviteti i Sansure Biotech ishte dukshëm i ulët krahasuar me CRS (p < 0.05). Pozitiviteti i Sansure Biotech ishte dukshëm i ulët krahasuar me CRS (p < 0.05). Rezultati i Sansure Biotech është shumë i rëndësishëm për CRS (p < 0,05). Rezultatet pozitive të Sansure Biotech ishin dukshëm më të ulëta krahasuar me CRS (p < 0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. Në Sansure Biotech do të jetë shumë më i vogël se sa më shumë për sravneniyu me CRS (p < 0,05). Sansure Biotech pati rezultate pozitive dukshëm më të pakta krahasuar me CRS (p < 0.05).Pajtueshmëria e përgjithshme e katër analizave ishte 96.3–100% krahasuar me CRS. Përveç shkallës së ulët të pozitivitetit të analizës Sansure Biotech, performanca e katër analizave ishte pothuajse e krahasueshme. Si e tillë, analiza Sansure Biotech [Vetëm Kërkimore (RUO)] kërkon validim shtesë për përdorimin e saj në Etiopi. Së fundmi, duhet të merren në konsideratë kërkime shtesë për të vlerësuar analizat me pretendimet e duhura të prodhuesit.
Testimi laboratorik është pjesë e Planit Strategjik të Organizatës Botërore të Shëndetësisë (OBSH) për Përgatitjen dhe Reagimin ndaj Sëmundjes së Koronavirusit 2019 (COVID-19). OBSH këshillon që vendet duhet të ndërtojnë kapacitete laboratorike për të përmirësuar përgatitjen, menaxhimin e duhur të rasteve, vigjilencën dhe reagimin e shpejtë ndaj sfidave të shëndetit publik. Kjo sugjeron që roli i laboratorit është çelësi për karakterizimin e sëmundjes dhe epidemiologjinë e agjentëve infektivë në zhvillim dhe kontrollin e përhapjes së tyre.
Diagnoza e COVID-19 kërkon informacion epidemiologjik dhe mjekësor, simptoma/shenja personale, si dhe të dhëna radiografike dhe laboratorike2. Që kur shpërthimi i COVID-19 u raportua në Wuhan të Kinës, shumë teste komerciale të amplifikimit të acidit nukleik (NAAT) janë zhvilluar në të gjithë botën. Reaksioni zinxhir i polimerazës me transkriptim të kundërt në kohë reale (rRT-PCR) është përdorur si një metodë rutinë dhe standarde për diagnostikimin laboratorik të infeksionit të sindromës së rëndë akute respiratore 2 (SARS-CoV-2)3. Zbulimi molekular i SARS-CoV-2 zakonisht bazohet në gjenet N (gjeni i proteinës nukleokapsidë), E (gjeni i proteinës së zarfit) dhe RdRp (gjeni i ARN polimerazës së varur nga ARN) në rajonin ORF1a/b (gjeni i leximit të hapur 1a/b). të identifikuar nga gjenomi viral. Ato konsiderohen të jenë rajonet kryesore të konservuara që gjenden në gjenomet virale për njohjen e virusit4. Midis këtyre gjeneve, gjenet RdRp dhe E kanë ndjeshmëri të lartë analitike të zbulimit, ndërsa gjeni N ka ndjeshmëri të ulët analitike5.
Performanca e analizave PCR mund të ndryshojë në varësi të faktorëve të ndryshëm, siç janë: reagentët e nxjerrjes, reagentët e amplifikimit/zbulimit, metoda e nxjerrjes, cilësia e makinës PCR dhe instrumenteve të tjera. Që nga prilli i vitit 2020, më shumë se 48 pajisje të ndryshme diagnostikuese nga nëntë vende kanë marrë Autorizimin e Përdorimit të Emergjencës (EUA) për diagnostikimin e COVID-196. Në Etiopi, më shumë se 14 platforma PCR në kohë reale përdoren për zbulimin PCR të SARS-CoV-2 në 26 institucione shëndetësore publike, duke përfshirë ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 dhe Quant-studio7. Përveç kësaj, janë në dispozicion komplete të ndryshme testimi PCR, siç janë testi Daan Gene, testi Abbott SARS-CoV-2, testi Sansure Biotech dhe testi SARS-CoV-2 BGI. Edhe pse rRT-PCR është shumë e ndjeshme, disa pacientë me COVID-19 raportojnë rezultate të rreme negative për shkak të kopjeve të pamjaftueshme të acidit ribonukleik viral (ARN) në mostra për shkak të mbledhjes, transportit, ruajtjes dhe trajtimit të pahijshëm, si dhe testeve laboratorike. kushtet dhe veprimet e personelit8. Përveç kësaj, keqtrajtimi i mostrës ose kontrollit, vendosja e pragut të ciklit (Ct) dhe reaktiviteti i kryqëzuar me acide të tjera nukleike patogjene ose ARN joaktive/mbetëse të SARS-CoV-2 mund të çojnë në rezultate të rreme pozitive në analizat rRT-PCR9. Kështu, është e qartë se testet PCR mund të identifikojnë me të vërtetë bartësit e fragmenteve të gjeneve, pasi ato nuk mund të dallojnë as midis gjeneve virale vërtet aktive, kështu që testet mund të identifikojnë vetëm bartësit dhe jo pacientët10. Prandaj, është e rëndësishme të vlerësohet performanca diagnostikuese duke përdorur metoda standarde në mjedisin tonë. Edhe pse shumë reagentë NAAT janë të disponueshëm në Institutin e Shëndetit Publik të Etiopisë (EPHI) dhe në të gjithë vendin, ende nuk është raportuar asnjë vlerësim krahasues i efektivitetit të tyre. Prandaj, ky studim synonte të vlerësonte performancën krahasuese të kite-ve të disponueshme komercialisht për zbulimin e SARS-CoV-2 nga rRT-PCR duke përdorur mostra klinike.
Në këtë studim u përfshinë gjithsej 164 pjesëmarrës me dyshime për COVID-19. Shumica e mostrave ishin nga qendrat e trajtimit (118/164 = 72%), ndërsa 46 pjesëmarrësit e mbetur (28%) ishin nga qendrat jo-trajtuese. Ndër pjesëmarrësit që nuk u trajtuan në qendër, 15 (9.1%) kishin raste klinikisht të dyshuara dhe 31 (18.9%) kishin kontakte me raste të konfirmuara. Nëntëdhjetë e tre (56.7%) pjesëmarrës ishin meshkuj, dhe mosha mesatare (± SD) e pjesëmarrësve ishte 31.10 (± 11.82) vjeç.
Në këtë studim, u përcaktuan shkallët pozitive dhe negative të katër testeve për COVID-19. Kështu, shkallët pozitive të analizës Abbott SARS-CoV-2, analizës Daan Gene 2019-nCoV, analizës SARS-CoV-2 BGI dhe analizës Sansure Biotech 2019-nCoV ishin përkatësisht 59.1%, 58.5%, 57.9% dhe 55.5%. Rezultatet pozitive dhe negative të standardit të referencës së përbërë (CRS) ishin përkatësisht 97 (59.1%) dhe 67 (40.9%) (Tabela 1). Në këtë studim, përkufizimi i CRS u bazua në rregullin "çdo pozitiv", ku nga katër rezultate testi, dy ose më shumë rezultate testi që dhanë të njëjtin rezultat u konsideruan vërtet pozitive ose negative.
Në këtë studim, gjetëm një përputhje negative përqindjeje (NPA) prej 100% (95% CI 94.6–100) për të gjitha analizat krahasuar me CRS. Analiza e Sansure Biotechnology tregoi një PPA minimale prej 93.8% (95% CI 87.2-97.1) dhe analiza Daan Gene 2019-nCoV kishte një përputhje të përgjithshme prej 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Në të kundërt, pajtueshmëria e përgjithshme midis analizës SARS-CoV-2 BGI dhe analizës Sansure Biotech 2019-nCoV ishte përkatësisht 98.8% dhe 96.3% (Tabela 2).
Koeficienti kappa i Cohen-it i pajtueshmërisë midis rezultateve të analizës CRS dhe Abbott SARS-CoV-2 ishte plotësisht në përputhje (K = 1.00). Në mënyrë të ngjashme, vlerat kappa të Cohen-it të zbuluara nga Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI dhe Sansure Biotech 2019-nCoV janë gjithashtu plotësisht në përputhje me CRS (K ≥ 0.925). Në këtë analizë krahasuese, testi chi-square (testi McNemar) tregoi se rezultatet e analizës Sansure Biotech 2019-nCoV ishin dukshëm të ndryshme nga rezultatet e CRS (p = 0.031) (Tabela 2).
Siç tregohet në Fig.1 përqindja e vlerës më të ulët Ct (< 20 Ct) të analizës Abbott SARS-CoV-2 (gjeni i kombinuar RdRp dhe N) ishte 87.6% dhe vlera Ct e gjenit ORF1a/b të analizës Sansure Biotech 2019-nCoV tregoi se përqindja e vlerës së ulët Ct (< 20 Ct) ishte 50.3% dhe vlera e lartë Ct (36–40 Ct) ishte 3.2%. 1 përqindja e vlerës më të ulët Ct (< 20 Ct) të analizës Abbott SARS-CoV-2 (gjeni i kombinuar RdRp dhe N) ishte 87.6% dhe vlera Ct e gjenit ORF1a/b të analizës Sansure Biotech 2019-nCoV tregoi se përqindja e vlerës së ulët Ct (< 20 Ct) ishte 50.3% dhe vlera e lartë Ct (36–40 Ct) ishte 3.2%.Siç tregohet në Fig.1, përqindja e vlerave të Ct (< 20 Ct) analiza e Abbott SARS-CoV-2 (kombinimi i gjeneve RdRp dhe N) përbëhej prej 87,6%, një domethënie Ct e njohur ORF1a/b analiza e Sansure Biotech 2019-nCoV (2019-nCoV). Ct) përbëhej 50,3%, dhe vlera e lartë e Ct (36–40 Ct) përbën 3,2%. 1, përqindja e analizës së vlerës më të ulët Ct (< 20 Ct) të Abbott SARS-CoV-2 (gjeni i kombinuar RdRp dhe N) ishte 87.6%, dhe vlera Ct e analizës së gjenit ORF1a/b të Sansure Biotech 2019-nCoV tregoi se përqindja e vlerës së ulët Ct (< 20 Ct) përbënte 50.3%, dhe vlera e lartë Ct (36–40 Ct) përbënte 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 60%otech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值Ct (3)的百分比为3.2%. Siç tregohet në Figurën 1, përqindja më e ulët e vlerës Ct (< 20 Ct) e testit Abbott SARS-CoV-2 (kombinimi i gjenit RdRp dhe N) është 87.6%, vlera Ct e gjenit ORF1a/b e testit Sansure Biotech 2019-nCoV tregon një përqindje të ulët Ct (< 20 Ct) është 50.3%, përqindja e vlerës Ct (36–40 Ct) është 3.2%. Si mund të shfaqet në risunke 1, analizuar Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий gjenы RdRp dhe N) emërohet vetëm më i ulët për qindarmën e Ct (< 20 Ct) në shumë 87,6%, një vlerë Ct në ORF1a/b Anani Ana12sle. nCoV poказал низкий Ct. Siç tregohet në Figurën 1, analiza Abbott SARS-CoV-2 (që kombinon gjenet RdRp dhe N) kishte vlerën më të ulët të përqindjes Ct (< 20 Ct) në 87.6%, ndërsa vlera Ct e gjenit ORF1a/b në studimin Sansure Biotech 2019 - Analiza e nCoV tregoi një Ct të ulët. Procent значений (< 20 Ct) përbën 50,3%, një përqindje vысоких значений Ct (36–40 Ct) përbën 3,2%. Përqindja e vlerave (< 20 Ct) ishte 50.3%, dhe përqindja e vlerave të larta Ct (36–40 Ct) ishte 3.2%.Testi Abbott SARS-CoV-2 B regjistroi vlera Ct mbi 30. Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-CoV-2, gjeni ORF1a/b kishte një vlerë të lartë Ct (> 36 Ct), me një përqindje prej 4% (Fig. 1). Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-CoV-2, gjeni ORF1a/b kishte një vlerë të lartë Ct (> 36 Ct), me një përqindje prej 4% (Fig. 1). Në një tjetër, në analizën e BGI SARS-CoV-2 gjen ORF1a/b me vlerën e madhe të Ct (> 36 Ct), përqindja e kotorogut është 4% (ris. 1). Nga ana tjetër, në analizën e BGI SARS-CoV-2, gjeni ORF1a/b kishte një vlerë të lartë Ct (> 36 Ct), përqindja e së cilës ishte 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比伸 Nga ana tjetër, në zbulimin e BGI SARS-CoV-2, përqindja e gjenit ORF1a/b me vlerë të lartë Ct (>36 Ct) është 4% (Figura 1). Në një tjetër, në analizën e BGI SARS-CoV-2 përqendrohet në ORF1a/b me vlera të Ct (>36 Ct) është 4% (ris. 1). Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-CoV-2, përqindja e gjeneve ORF1a/b me vlera të larta Ct (>36 Ct) ishte 4% (Fig. 1).
Në këtë studim, morëm 164 mostra nazofaringeale. Për të gjitha llojet e analizave, izolimi dhe amplifikimi i ARN-së u krye duke përdorur metodat dhe kitet e rekomanduara nga prodhuesit përkatës.
Ky studim tregoi se testi i Abbott për SARS-CoV-2 ka të njëjtën performancë zbulimi si CRS, me 100% përputhje pozitive, negative dhe të përgjithshme. Pajtueshmëria kappa e Cohen është 1.00, duke treguar përputhje të plotë me CRS. Një studim i ngjashëm nga Universiteti i Uashingtonit në SHBA zbuloi se ndjeshmëria dhe specifikiteti i përgjithshëm i testit Abbott për SARS-CoV-2 ishte përkatësisht 93% dhe 100%, krahasuar me analizën e përcaktuar në laborator (LDA) të CDC-së. 11. Sistemi i zbulimit të Abbott SARS-CoV-2 bazohet në zbulimin e kombinuar të njëkohshëm të gjeneve N dhe RdRp, pasi të dy gjenet janë më të ndjeshme, duke minimizuar negativët e rremë12. Një studim në Vjenë, Austri tregoi gjithashtu se vëllimet e mëdha të mostrës së nxjerrjes dhe vëllimet e eluentit të zbulimit minimizuan efektet e hollimit dhe rritën efikasitetin e zbulimit13. Kështu, përputhja perfekte e Abbott për analizën SARS-CoV-2 mund të shoqërohet me një sistem zbulimi platforme që zbulon njëkohësisht gjenet kombinatorike, nxjerr një numër të madh mostrash (0.5 ml) dhe përdor një sasi të madhe eluenti (40 µl).
Rezultatet tona treguan gjithashtu se performanca e zbulimit të testit gjenetik Daan ishte pothuajse e njëjtë me atë të CRS. Kjo është në përputhje me një studim14 të kryer në Universitetin Anhui në Huainan, Kinë, dhe pretendimin e prodhuesit për një përputhje 100% pozitive. Pavarësisht raporteve të rezultateve të qëndrueshme, një mostër rezultoi negative e rreme pas ritestimit të të njëjtit eluat, por rezultoi pozitive në analizat Abbott SARS-CoV-2 dhe Sansure Biotech nCoV-2019. Kjo sugjeron që mund të ketë ndryshueshmëri në rezultate në lloje të ndryshme analizash. Megjithatë, në studimin e kryer në Kinë15, rezultati i analizës së gjenit Daan ishte dukshëm i ndryshëm (p < 0.05) krahasuar me analizën e tyre referuese të përcaktuar në laborator. Megjithatë, në studimin e kryer në Kinë15, rezultati i analizës së gjenit Daan ishte dukshëm i ndryshëm (p < 0.05) krahasuar me analizën e tyre referuese të përcaktuar në laborator. Tem nuk jame, во исследовании, të zbuluara në Kitae15, duke rezultuar në analizë Daan Gene është e rëndësishme (p < 0,05) nga analiza e laboratorit të tillë. Megjithatë, në një studim në Kinë15, rezultati i analizës së Daan Gene ishte dukshëm i ndryshëm (p < 0.05) nga analiza e tyre referuese laboratorike.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако во исследовании, shpallur në Kinë15, rezultat i testit gjenetik Daan domethënëstelno отличались (p < 0,05) me sravneniyu me ego эtalonnыm laboratornыm testom. Megjithatë, në një studim në Kinë15, rezultatet e testit gjenetik të Daan ishin dukshëm të ndryshme (p < 0.05) krahasuar me testin e tij laboratorik referues.Kjo mospërputhje mund të jetë për shkak të ndjeshmërisë së testit të referencës për të zbuluar SARS-CoV-2, dhe studime të mëtejshme mund të jenë të rëndësishme për të përcaktuar shkakun.
Për më tepër, studimi ynë vlerësoi performancën krahasuese të analizës SARS-CoV-2 BGI me CRS, duke treguar një përputhje të shkëlqyer pozitive në përqindje (PPA = 97.9%), përputhje negative në përqindje (NPA = 100%) dhe përputhje të përgjithshme në përqindje sipas gjinisë (OPA). = 98.8%). Vlerat Cohen's Kappa treguan një përputhje të mirë (K = 0.975). Studimet në Holandë16 dhe Kinë15 kanë treguar rezultate të qëndrueshme. Testi SARS-CoV-2 BGI është një test zbulimi i një gjeni të vetëm (ORF1a/b) duke përdorur 10 µl eluat amplifikimi/zbulimi. Pavarësisht përputhjes së mirë statistikore me rezultatet tona referuese, analiza humbi dy mostra pozitive (1.22%) të mostrës totale. Kjo mund të ketë implikime të mëdha klinike për dinamikën e transmetimit si në nivelin e pacientit ashtu edhe në atë të komunitetit.
Një tjetër analizë krahasuese e përfshirë në këtë studim ishte analiza Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); përqindja e përgjithshme e përputhjes ishte 96.3%. Forca e përputhjes u përcaktua gjithashtu nga vlera Kappa e Cohen, e cila ishte 0.925, duke treguar përputhje të plotë me CRS. Përsëri, rezultatet tona janë identike me studimet e kryera në Universitetin Qendror Jugor në Changsha, Kinë, dhe në Departamentin e Laboratorit Klinik të Spitalit Popullor Liuzhou, Qyteti Liuzhou, Kinë17. Edhe pse u regjistrua përputhshmëria e mirë statistikore e mësipërme, testi ki-katror (testi MacNemar) tregoi se rezultati i analizës Sansure Biotech ka pasur një ndryshim statistikisht të rëndësishëm krahasuar me CRS (p < 0.005). Edhe pse u regjistrua përputhshmëria e mirë statistikore e mësipërme, testi ki-katror (testi MacNemar) tregoi se rezultati i analizës Sansure Biotech ka pasur një ndryshim statistikisht të rëndësishëm krahasuar me CRS (p < 0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное повеќе хорошее статистическое соответствие, kriteret e хи-квадрат (критерий Манемара) pokazal, që rezultojnë në analizën e Sansure Biotech ka vlerën e RS në 0,00 C. Edhe pse u regjistrua një përputhje e mirë statistikore e mësipërme, testi ki-katror (testi McNemar) tregoi se rezultati i analizës Sansure Biotech kishte një ndryshim statistikisht të rëndësishëm krahasuar me CRS (p < 0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表怎 ，sure ，sure ，结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005……………………………………. S'ka më shumë informacione më të mira, kritere për hi-kvadrat (kriteret e Maknemara) tregojnë një sasi të madhe të ndihmave (p < 0,005) midis analizave Sansure Biotech dhe CRS. Pavarësisht përputhjes së mirë statistikore të përmendur më sipër, testi ki-katror (testi McNemar) tregoi një ndryshim statistikisht të rëndësishëm (p < 0.005) midis analizës Sansure Biotech dhe CRS.Gjashtë mostra (3.66%) rezultuan të ishin negative të rreme krahasuar me CRS (Tabela Plotësuese 1); kjo është shumë e rëndësishme, veçanërisht duke pasur parasysh dinamikën e transmetimit të virusit. Të dhënat e mësipërme mbështesin gjithashtu këtë shkallë të ulët zbulimi15.
Në këtë studim, vlerat Ct u përcaktuan për secilën analizë dhe platformë përkatëse, me vlerën më të ulët mesatare Ct të raportuar në analizën Abbott SARS-CoV-2. Ky rezultat mund të lidhet me sistemin e testimit gjenetik të kombinuar të njëkohshëm të Abbott për zbulimin e SARS-CoV-2. Prandaj, sipas Figurës 1, 87.6% e rezultateve të Abbott SARS-CoV-2 kishin vlera Ct nën 20. Vetëm një numër i vogël i rezultateve të mostrës (12.4%) ishin në rangun 20-30. Vlerat Ct mbi 30 nuk u regjistruan. Përveç përdorimit nga Abbott të formatit të testimit gjenetik të panelit SARS-CoV-2, ky rezultat mund të lidhet me kufirin e poshtëm të zbulimit (32.5 kopje ARN/mL)18, i cili është tre herë më i ulët se kufiri i poshtëm i kompanisë prej 100 kopjesh ARN/mL. ml)19.
Ky studim ka disa kufizime: së pari, ne nuk kemi metoda standarde/referuese [siç është ngarkesa virale ose teste të tjera laboratorike (LDA)] për shkak të mungesës së burimeve. Së dyti, të gjitha mostrat e përdorura në këtë studim ishin tampona nazofaringeale, ndërsa rezultatet nuk ishin të zbatueshme për llojet e tjera të mostrave, dhe së treti, madhësia e mostrës sonë ishte e vogël.
Ky studim krahasoi performancën e katër analizave rRT-PCR për SARS-CoV-2 duke përdorur mostra nazofaringeale. Të gjitha analizat e zbulimit kishin performancë pothuajse të krahasueshme, me përjashtim të analizës Sansure Biotech. Për më tepër, shkalla e ulët e pozitivitetit u identifikua në analizën Sansure Biotech krahasuar me CRS (p < 0.05). Për më tepër, shkalla e ulët e pozitivitetit u identifikua në analizën Sansure Biotech krahasuar me CRS (p < 0.05). Krome того, në teste Sansure Biotech был выявлен со përqindje të ulët të përfshira në sravneniyu me CRS (p < 0,05). Përveç kësaj, testi Sansure Biotech tregoi një përqindje të ulët të rezultateve pozitive krahasuar me CRS (p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05)".此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05)". Krome того, analizuar Sansure Biotech emër më shumë pak më pak se rezultati i saj në CRS (p < 0,05). Për më tepër, analiza Sansure Biotech kishte një shkallë më të ulët pozitiviteti krahasuar me CRS (p < 0.05).Analiza e Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) e PPA, NPA dhe pajtueshmërisë së përgjithshme tejkaloi 93.5% me një vlerë të forcës së pajtueshmërisë Cohen Kappa prej 0.925. Së fundmi, Analiza Sansure Biotech (RUO) ka nevojë për validim të mëtejshëm për përdorim në Etiopi, dhe duhet të merren në konsideratë kërkime shtesë për të vlerësuar pretendimet nga prodhuesit individualë.
Një studim krahasues u krye në katër institucione shëndetësore në Addis Ababa, Spitalin Eka Kotebe, Qendrën e Trajtimit të Kishës Millennium, Spitalin Memorial Zewooditu dhe Spitalin Specialist të Tuberkulozit Shën Pjetri. Të dhënat u mblodhën midis 1 dhe 31 dhjetorit 2020. Institucionet mjekësore për këtë studim u zgjodhën qëllimisht bazuar në numrin e lartë të rasteve dhe disponueshmërinë e qendrave kryesore të trajtimit në qytet. Në mënyrë të ngjashme, instrumentet, duke përfshirë instrumentet PCR në kohë reale ABI 7500 dhe Abbott m2000, u zgjodhën sipas rekomandimeve të prodhuesve të reagentëve NAAT, dhe katër komplete zbulimi PCR u zgjodhën për këtë studim, pasi shumica e laboratorëve në Etiopi përdorën të paktën të paktën katër prej tyre. Testi i gjenit, testi Abbott SARS-CoV-2, testi Sansure Biotech dhe testi SARS-CoV-2 BGI të kryera gjatë studimit).
Testimi për SARS-CoV-2 u krye nga 1 deri më 30 dhjetor 2020 duke përdorur 3 ml të Mjetit të Transportit Viral (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kinë) nga individë nën hetim për COVID-19 të referuar në EPHI. Mostrat nazofaringeale u mblodhën nga mbledhës të trajnuar të mostrave dhe u dërguan në EPHI në pako të trefishta. Para izolimit të acidit nukleik, çdo mostre i caktohet një numër unik identifikimi. Nxjerrja kryhet nga secila mostër menjëherë pas mbërritjes duke përdorur metoda manuale dhe automatike të nxjerrjes. Kështu, për nxjerrjen automatike të Abbott m2000, 1.3 ml (duke përfshirë 0.8 ml vëllim të vdekur dhe 0.5 ml vëllim hyrës të nxjerrjes) të mostrës u nxorën nga secila mostër dhe u kaluan përmes Sistemit të Përgatitjes së Mostrës së ADN-së Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, SHBA). Një grup prej 96 [92 mostra, dy kontrolle zbulimi dhe dy kontrolle jo-shabllon (NTC)] u përfshi në procesin e përgjithshëm (marrjen dhe zbulimin) e dy raundeve të SARS-CoV-2 (EUA) në kohë reale. minierimi. Në mënyrë të ngjashme, për nxjerrjen manuale, përdorni të njëjtat mostra (për nxjerrje dhe zbulim automatik). Kështu, gjatë gjithë procesit, mostrat prej 140 µl u ndanë dhe u nxorën duke përdorur QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Gjermani) në grupe prej 24 (duke përfshirë 20 mostra, dy kontrolle analizash dhe dy NTC) gjatë nëntë raundeve. Eluatet e nxjerra manualisht u amplifikuan dhe u zbuluan duke përdorur një ciklikues termik ABI 7500 duke përdorur analizën SARS-CoV-2 BGI, analizën Daan Gene dhe analizën Sansure Biotech.
Izolimi dhe pastrimi automatik i ARN-së virale SARS-CoV-2 ndjek parimin e sferave magnetike duke përdorur reagentë për përgatitjen e mostrave të ADN-së Abbott. Inaktivizimi i mostrave dhe tretshmëria e grimcave virale kryhet duke përdorur një detergjent që përmban guanidin izotiocianat për të denatyruar proteinën dhe për të inaktivizuar RNazën. ARN-ja më pas ndahet nga proteina me anë të ndarjes së fazës së ngurtë duke përdorur silicë, d.m.th. kripa e guanidiniumit dhe pH alkalik i tamponit të lizës nxisin lidhjen e acideve nukleike me silicën (SiO2). Hapi i shpëlarjes largon proteinat dhe mbeturinat e mbetura për të prodhuar një tretësirë ​​të qartë. ARN-ja transparente izolohet nga mikropjesëzat me bazë silicë duke përdorur fushën magnetike të instrumentit20,21. Nga ana tjetër, izolimi manual dhe pastrimi i ARN-së kryhet me metodën e kolonës së centrifugimit duke përdorur centrifugim në vend të një stende magnetike dhe ndarjen e mikropjesëzave nga eluenti.
Testi i Zbulimit Abbott në Kohë Reale SARS-CoV-2 (Abbott Molecular, Inc.) u krye sipas udhëzimeve të prodhuesit, të cilat morën EUA19,22 nga OBSH dhe FDA. Në këtë protokoll, inaktivizimi i mostrës para nxjerrjes u krye në një banjë uji në 56 °C për 30 minuta. Pas inaktivizimit të virusit, nxjerrja e acidit nukleik u krye në një instrument Abbott m2000 SP nga 0.5 ml VTM duke përdorur një sistem përgatitjeje të mostrës së ADN-së Abbott m2000. sipas prodhuesit. Amplifikimi dhe zbulimi u kryen duke përdorur një instrument Abbott m2000 RT-PCR, dhe zbulimi i dyfishtë u krye për gjenet RdRp dhe N. ROX) dhe VIC P (ngjyrë pronësore) për shënjestrimin dhe zbulimin e kontrolleve të brendshme, duke lejuar zbulimin e njëkohshëm të të dy produkteve të amplifikimit 19.
Metoda e zbulimit të amplifikimit të këtij kompleti bazohet në teknologjinë RT-PCR me një hap. Gjenet ORF1a/b dhe N u përzgjodhën si rajone të konservuara nga Daan Gene Technology për të zbuluar amplifikimin e rajonit të synuar. Prajmerë specifikë dhe sonda fluoreshente (sonda të gjenit N të etiketuara me FAM, sonda ORF1a/b të etiketuara me VIC) janë projektuar për të zbuluar ARN-në e SARS-CoV-2 në mostra. Eluenti përfundimtar dhe përzierjet master u përgatitën duke shtuar 5 µl eluent në 20 µl të përzierjes master deri në një vëllim përfundimtar prej 25 µl. Amplifikimi dhe zbulimi u kryen njëkohësisht në një instrument PCR në kohë reale ABI 750024.
Gjenet ORF1a/b dhe N u zbuluan duke përdorur Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (zbulim fluoreshent PCR). Përgatitni sonda specifike për secilin gjen të synuar duke zgjedhur kanalin FAM për rajonin ORF1a/b dhe kanalin ROX për gjenin N. Në këtë kit analize, reagentët eluent dhe të përzierjes kryesore shtohen si më poshtë: përgatitni 30 µl reagent të përzierjes kryesore dhe 20 µl mostër të eluuar për zbulim/amplifikim. PCR në kohë reale ABI 750025 u përdor për amplifikim/zbulim.
Testi BGI i SARS-CoV-2 është një komplet rRT-PCR fluoreshente në kohë reale për diagnostikimin e COVID-19. Rajoni i synuar ndodhet në rajonin ORF1a/b të gjenomit SARS-CoV-2, i cili është një metodë zbulimi e një gjeni të vetëm. Përveç kësaj, gjeni njerëzor i mirëmbajtjes së shtëpisë β-aktina është një gjen i synuar i rregulluar nga brenda. Përzierja master përgatitet duke përzier 20 µl të reagentit të përzierjes master dhe 10 µl të mostrës së ARN-së të nxjerrë në një pllakë puse26. Një instrument PCR sasior fluoreshent në kohë reale ABI 7500 u përdor për amplifikim dhe zbulim. I gjithë amplifikimi i acidit nukleik, kushtet e ekzekutimit të PCR për secilën analizë dhe interpretimi i rezultateve u kryen sipas udhëzimeve të prodhuesit përkatës (Tabela 3).
Në këtë analizë krahasuese, ne nuk përdorëm metodën standarde të referencës për të përcaktuar përqindjen e pajtueshmërisë (pozitive, negative dhe të përgjithshme) dhe parametra të tjerë krahasimi për katër analizat. Çdo krahasim testi u bë me CRS, në këtë studim CRS u vendos nga rregulli "çdo pozitiv" dhe rezultati u përcaktua, jo nga një test i vetëm, ne përdorëm të paktën dy rezultate testi të përputhura. Përveç kësaj, në rastin e transmetimit të COVID-19, rezultatet e rreme negative janë më të rrezikshme se rezultatet e rreme pozitive. Prandaj, për të thënë "pozitive" sa më saktë të jetë e mundur nga një rezultat CRS, të paktën dy teste analize duhet të jenë pozitive, që do të thotë se të paktën një rezultat pozitiv ka të ngjarë të vijë nga një analizë EUA. Kështu, nga katër rezultate testi, dy ose më shumë rezultate testi që japin të njëjtin rezultat konsiderohen të vërteta pozitive ose negative18,27.
Të dhënat u mblodhën duke përdorur formularë të strukturuar për nxjerrjen e të dhënave, futja dhe analiza e të dhënave u krye duke përdorur programin statistikor Excel dhe SPSS versionin 23.0 për statistikat përshkruese. U analizuan përputhshmëria pozitive, negative dhe përqindja e përgjithshme, dhe një pikëzim Kappa u përdor për të përcaktuar shkallën e përputhshmërisë së secilës metodë me CRS. Vlerat Kappa interpretohen si më poshtë: 0.01 deri në 0.20 për përputhshmëri të lehtë, 0.21 deri në 0.40 për përputhshmëri të përgjithshme, 0.41-0.60 për përputhshmëri të moderuar, 0.61-0.80 për përputhshmëri të madhe dhe 0.81-0.99 për përputhshmëri të plotë28.
U mor miratimi etik nga Universiteti i Addis Ababa-s dhe të gjitha protokollet eksperimentale për këtë studim u miratuan nga Bordi i Rishikimit të Etikës Shkencore i Institutit të Shëndetit Publik të Etiopisë. Numri i referencës për Licencën Etike të EPHI-së është EPHI/IRB-279-2020. Të gjitha metodat u aplikuan në përputhje me rekomandimet dhe dispozitat e Udhëzimeve Gjithëpërfshirëse Kombëtare të Etiopisë për Trajtimin e COVID-19. Përveç kësaj, u mor pëlqimi i informuar me shkrim nga të gjithë pjesëmarrësit në studim para pjesëmarrjes në studim.
Të gjitha të dhënat e marra ose të analizuara në këtë studim janë përfshirë në këtë artikull të botuar. Të dhënat që mbështesin rezultatet e këtij studimi janë të disponueshme nga autori përkatës me kërkesë të arsyeshme.
Organizata Botërore e Shëndetësisë. Rekomandime për Strategjitë e Testimit Laboratorik për COVID-19: Udhëzim i Përkohshëm, 21 Mars 2020 Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (OBSH, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnoza e zgjuar e COVID-19 në Departamentin e Urgjencës: Gjithëpërfshirëse në Praktikë. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnoza e zgjuar e COVID-19 në Departamentin e Urgjencës: Gjithëpërfshirëse në Praktikë.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dhe Gurgulianis, KI Diagnoza inteligjente e COVID-19 në departamentin e urgjencës: gjithçka në praktikë.Muliou DS, Pantazopoulos I. dhe Gurgulyanis KI Diagnoza inteligjente e COVID-19 në departamentet e urgjencës: integrimi nga fillimi në fund në praktikë. Reverendi Ekspert Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL dhe St George, K. Vlerësimi i analizës COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL dhe St George, K. Vlerësimi i analizës COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL dhe St. George, K. Vlerësimi i analizës COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL dhe St. George K. Vlerësimi i analizës COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OBSH. Zbulimi laboratorik i sëmundjes së koronavirusit 2019 (COVID-19) në sëmundje të dyshuara njerëzore. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (qasur më 15 gusht 2020) (OBSH, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnoza e COVID-19: Sëmundjet dhe Mjetet e Testimit. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Themelimi i Kolegjit të Patologëve të Afrikës Lindore, Qendrore dhe Jugore – Shkolla Rajonale e Patologjisë së Lindjes së Mesme dhe Afrikës së Jugut. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Instituti Etiopian i Shëndetit Publik, Ministria Federale e Shëndetësisë. Strategjia dhe Udhëzimet e Përkohshme Kombëtare për Diagnostikimin Laboratorik të COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (qasur më 12 gusht 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Teste të rreme negative për sfidat dhe implikimet e infeksionit SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Teste të rreme negative për sfidat dhe implikimet e infeksionit SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. dhe Kesselheim AS Teste të rreme negative për infeksionet SARS-CoV-2 dhe pasojat e tyre.Voloshin S., Patel N. dhe Kesselheim AS Teste të rreme negative për provokimin dhe ndikimin e infeksionit SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Rastet e COVID-19 me rezultate të rreme pozitive dhe të rreme negative: Strategjitë e parandalimit dhe menaxhimit të frymëmarrjes, vaksinimi dhe perspektiva të mëtejshme. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Rastet e COVID-19 me rezultate të rreme pozitive dhe të rreme negative: Strategjitë e parandalimit dhe menaxhimit të frymëmarrjes, vaksinimi dhe perspektiva të mëtejshme. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Loжноположительные и ложноотрицательные Rastet COVID-19: infeksione profilaktike dhe strategjie lechenie, vuajtje dhe dëshpërim. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Raste të rreme pozitive dhe të rreme negative të COVID-19: strategji parandalimi dhe trajtimi të frymëmarrjes, vaksinimi dhe rruga përpara.Muliu, DS dhe Gurgulianis, KI Rastet e rreme pozitive dhe të rreme negative të COVID-19: strategji për parandalimin dhe trajtimin e frymëmarrjes, vaksinimin dhe rrugën përpara. Reverendi Ekspert Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnoza e COVID-19 në departamentin e urgjencës: Duke parë pemën, por duke humbur pyllin. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnoza e COVID-19 në departamentin e urgjencës: Duke parë pemën, por duke humbur pyllin.Mouliou, DS, Ioannis, P. dhe Konstantinos, G. Diagnoza e COVID-19 në Departamentin e Urgjencës: Shiko Pemën, Humb Pyllin.Muliou DS, Ioannis P., dhe Konstantinos G. Diagnoza e COVID-19 në dhomat e urgjencës: Pyll i pamjaftueshëm për pemët. Shfaqja. ilaç. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validimi dhe Vlerësimi i Performancës Analitike dhe Klinike të Analizës Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasimi i pesë seteve të prajmerëve nga rajone të ndryshme të gjenomit të COVID-19 për zbulimin e infeksionit të virusit me anë të RT-PCR konvencionale. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasimi i pesë grupeve të prajmerëve nga rajone të ndryshme të gjenomit të COVID-19 për zbulimin e infeksionit të virusit me anë të RT-PCR konvencionale.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. dhe Aflatunyan, B. Krahasimi i pesë grupeve të prajmerëve nga rajone të ndryshme të gjenomit COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral me anë të RT-PCR konvencional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasimi i 5 rajoneve të ndryshme gjenetike të COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral me anë të RT-PCR konvencionale.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. dhe Aflatunyan B. Krahasimi i pesë grupeve të prajmerëve nga rajone të ndryshme të gjenomit COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral me anë të RT-PCR konvencional.Iran. J. Mikrobiologji. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Rezultatet paraprake të programit kombëtar të vlerësimit të jashtëm të cilësisë për zbulimin e sekuencave të gjenomit SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Vlerësimi Analitik i Efikasitetit të Pesë Setit RT-PCR për Koronavirusin e Sindromës së Rëndë Akute Respiratore 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Vlerësimi i shtatë kitave të zbulimit të ARN-së SARS-CoV-2 të disponueshme komercialisht në Kinë bazuar në reaksionin zinxhir të polimerazës (PCR) në kohë reale. klinik. kimik. laboratorik. mjekësi. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Krahasimi i shtatë kite diagnostikuese RT-PCR COVID-19 komerciale. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, etj. Krahasimi i performancës diagnostikuese të dy kitave PCR për zbulimin e acideve nukleike SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, etj. Një studim krahasues i katër platformave të testimit të amplifikimit të acidit nukleik SARS-CoV-2 (NAAT) tregoi se performanca e ID NOW u degradua ndjeshëm në varësi të pacientit dhe llojit të mostrës. diagnoza. mikrobiologjia. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekula Abbott. Fletëpalosje në paketim për analizën Abbott në kohë reale të SARS-CoV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Që nga 10 gushti 2020) (2020).
Klein, S. et al. Izolimi i ARN-së së SARS-CoV-2 duke përdorur sfera magnetike për zbulim të shpejtë në shkallë të gjerë me anë të RT-qPCR dhe RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).