Performanca e katër analizave të amplifikimit të acidit nukleik për të identifikuar SARS-CoV-2 në Etiopi

Faleminderit për vizitën e natyrës.com. Ju jeni duke përdorur një version të shfletuesit me mbështetje të kufizuar CSS. Për përvojën më të mirë, ne ju rekomandojmë të përdorni një shfletues të azhurnuar (ose të çaktivizoni mënyrën e pajtueshmërisë në Internet Explorer). Përveç kësaj, për të siguruar mbështetje të vazhdueshme, ne i tregojmë sitit pa stile dhe JavaScript.
Shfaq një karusel prej tre rrëshqitjeve menjëherë. Përdorni butonat e mëparshëm dhe të ardhshëm për të lëvizur nëpër tre rrëshqitje në të njëjtën kohë, ose përdorni butonat e rrëshqitjes në fund për të lëvizur nëpër tre rrëshqitje në një kohë.
Që nga shpërthimi i sëmundjes së koronavirusit 2019 (COVID-19), shumë teste komerciale të amplifikimit të acidit nukleik (NAAT) janë zhvilluar në të gjithë botën dhe janë bërë analiza standarde. Megjithëse disa teste u zhvilluan shpejt dhe u aplikuan në testet diagnostikuese laboratorike, performanca e këtyre testeve nuk është vlerësuar në një larmi ambientesh. Prandaj, ky studim synonte të vlerësonte performancën e analizave të Abbott SARS-COV-2, DAAN, BGI dhe Sansure Biotech duke përdorur standardin e referencës së përbërë (CRS). Studimi u krye në Institutin e Shëndetit Publik Etiopian (EPHI) nga 1 deri në 30 dhjetor 2020. 164 Mostrat e nazofaringalit u ekstraktuan duke përdorur Qiaamp ARN Mini Kit dhe sistemin e përgatitjes së mostrës ABBOTT të ADN -së. Nga 164 ekzemplarë, 59.1% ishin pozitivë dhe 40.9% ishin negative për CRS. Pozitiviteti i bioteknikës sansure ishte dukshëm i ulët në krahasim me CRS (p <0.05). Pozitiviteti i bioteknikës sansure ishte dukshëm i ulët në krahasim me CRS (p <0.05). Пложительные резow ь ы sanure biotech ыыли значительно ниже п срвнению с Crs (P <0,05). Rezultatet pozitive të Sansure Biotech ishin dukshëm më të ulëta në krahasim me CRS (p <0.05).与 crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0.05）。与 crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0.05）。 Sansure Biotech ыыло значительно меншш \\жительных резowттатов п савнию с Crs (P <0,05). Sansure Biotech kishte dukshëm më pak rezultate pozitive në krahasim me CRS (p <0.05).Marrëveshja e përgjithshme e katër analizave ishte 96.3-100% në krahasim me CRS. Përveç shkallës së ulët të pozitivitetit të analizës së bioteknikës sansure, performanca e katër analizave ishte gati e krahasueshme. Si i tillë, analiza e Sansure Biotech [vetëm hulumtim (RUO) kërkon vërtetim shtesë për përdorimin e tij në Etiopi. Më në fund, hulumtime shtesë duhet të konsiderohen për të vlerësuar analizat me pretendimet e duhura të prodhuesit.
Testimi laboratorik është pjesë e Planit Strategjik të Organizatës Botërore të Shëndetit (WHO) për sëmundjen e Coronavirus 2019 (COVID-19) Gatishmëria dhe Përgjigja (SPRP). OBSH këshillon që vendet të duhet të ndërtojnë aftësi laboratorike për të përmirësuar gatishmërinë, menaxhimin e duhur të çështjeve, vigjilencën dhe reagimin e shpejtë ndaj sfidave të shëndetit publik. Kjo sugjeron që roli i laboratorit është thelbësor për të karakterizuar sëmundjen dhe epidemiologjinë e agjentëve infektues në zhvillim dhe kontrollin e përhapjes së tyre.
Diagnoza e COVID-19 kërkon informacione epidemiologjike dhe mjekësore, simptoma/shenja personale dhe të dhëna radiografike dhe laboratorike2. Që nga shpërthimi COVID-19 u raportua në Wuhan, Kinë, shumë teste komerciale të amplifikimit të acidit nukleik (NAAT) janë zhvilluar në të gjithë botën. Reagimi i zinxhirit të polimerazës së transkriptimit në kohë reale në kohë reale (RRT-PCR) është përdorur si një metodë rutinë dhe standarde për diagnostikimin laboratorik të infeksionit të rëndë të frymëmarrjes akute të frymëmarrjes 2 (SARS-COV-2) 3. Zbulimi molekular i SARS-COV-2 zakonisht bazohet në N (gjenin e proteinës nukleokapsid), E (gjenin e proteinave të zarfit), dhe gjenet RDRP (gjen polimerazë ARN e varur nga ARN) në ORF1A/B (kornizë e hapur leximi 1A/B). gjen) rajoni i identifikuar nga gjenomi viral. Ato konsiderohen të jenë rajonet kryesore të ruajtura që gjenden në gjenomet virale për njohjen e virusit4. Midis këtyre gjeneve, gjenet RDRP dhe E kanë ndjeshmëri të lartë të zbulimit analitik, ndërsa gjeni N ka ndjeshmëri të ulët analitike5.
Performanca e analizave PCR mund të ndryshojë në varësi të faktorëve të ndryshëm si: reagentët e nxjerrjes, reagentët e amplifikimit/zbulimit, metoda e nxjerrjes, cilësia e makinës PCR dhe instrumentet e tjerë. Që nga prilli i vitit 2020, më shumë se 48 pajisje të ndryshme diagnostikuese nga nëntë vende kanë marrë autorizim të përdorimit të urgjencës (EUA) për diagnostikimin COVID-196. Në Etiopi, më shumë se 14 platforma PCR në kohë reale përdoren për zbulimin e PCR të SARS-COV-2 në 26 institucione të shëndetit publik, përfshirë ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 dhe Quant-Studio7. Për më tepër, komplete të ndryshme të provës PCR janë të disponueshme, të tilla si testi i gjenit DAAN, testi Abbott SARS-COV-2, testi i bioteknikës sansure dhe testi SARS-COV-2 BGI. Megjithëse RRT-PCR është shumë e ndjeshme, disa pacientë me COVID-19 raportojnë rezultate të rreme negative për shkak të kopjeve të pamjaftueshme të acidit ribonukleik viral (ARN) në mostra për shkak të mbledhjes së pahijshme, transportit, ruajtjes dhe trajtimit, dhe testimit laboratorik. kushtet dhe veprimet e personelit8. Për më tepër, mostrimi ose kontrolli i keqbërjes, vendosja e pragut të ciklit (CT), dhe reaktiviteti kryq me acide të tjera patogjene nukleike ose ARN joaktive/të mbetura SARS-COV-2 mund të çojnë në rezultate pozitive false pozitive në analizat RRT-PCR9. Kështu, është e qartë se testet PCR me të vërtetë mund të identifikojnë transportuesit e fragmenteve të gjeneve, pasi ato as nuk mund të bëjnë dallimin midis gjeneve virale me të vërtetë aktive, kështu që testet mund të identifikojnë vetëm transportuesit dhe jo pacientët10. Prandaj, është e rëndësishme të vlerësohet performanca diagnostikuese duke përdorur metoda standarde në mjedisin tonë. Edhe pse shumë reagentë të NAAT janë në dispozicion në Institutin e Shëndetit Publik Etiopian (EPHI) dhe në të gjithë vendin, ende nuk është raportuar një vlerësim krahasues i efektivitetit të tyre. Prandaj, ky studim synonte të vlerësonte performancën krahasuese të kompleteve të disponueshme komerciale për zbulimin e SARS-COV-2 nga RRT-PCR duke përdorur ekzemplarë klinikë.
Në këtë studim u përfshinë gjithsej 164 pjesëmarrës me COVID-19 të dyshuar. Shumica e mostrave ishin nga qendrat e trajtimit (118/164 = 72%), ndërsa pjesëmarrësit e mbetur 46 (28%) ishin nga qendrat e mos trajtimit. Në mesin e pjesëmarrësve që nuk trajtoheshin në qendër, 15 (9.1%) kishin dyshuar klinikisht raste dhe 31 (18.9%) kishin kontakte të rasteve të konfirmuara. Nëntëdhjetë e tre (56.7%) pjesëmarrës ishin meshkuj, dhe mosha mesatare (± SD) e pjesëmarrësve ishte 31.10 (11.82 ±) vjet.
Në këtë studim, u përcaktuan normat pozitive dhe negative të katër testeve për COVID-19. Kështu, normat pozitive të provës Abbott SARS-COV-2, prova DAAN Gene 2019-NCOV, prova SARS-COV-2 BGI, dhe prova Sansure Biotech 2019-NCOV ishin përkatësisht 59.1%, 58.5%, 57.9% dhe 55.5%. Rezultatet e standardit të referencës së përbërë pozitive dhe negative (CRS) ishin përkatësisht 97 (59.1%) dhe 67 (40.9%) (Tabela 1). Në këtë studim, përkufizimi i CRS u bazua në rregullin "çdo pozitiv", me anë të së cilës nga katër rezultatet e provës, dy ose më shumë rezultate të testit që dhanë të njëjtin rezultat u konsideruan të vërtetë pozitiv ose negativ.
Në këtë studim, ne gjetëm një marrëveshje për përqindje negative (NPA) prej 100% (95% CI 94.6-100) për të gjitha analizat në krahasim me CRS. Analiza e bioteknologjisë sansure tregoi një PPA minimale prej 93.8% (95% CI 87.2-97.1) dhe analiza DAAN Gene 2019-NCOV kishin një marrëveshje të përgjithshme prej 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Në të kundërt, marrëveshja e përgjithshme midis provës SARS-COV-2 BGI dhe provës Sansure Biotech 2019-NCOV ishte përkatësisht 98.8% dhe 96.3% (Tabela 2).
Koeficienti i marrëveshjes së Kappa të Cohen midis CRS dhe rezultateve të vlerësimit të Abbott SARS-COV-2 ishte plotësisht i qëndrueshëm (k = 1.00). Në mënyrë të ngjashme, vlerat e Kappa të Cohen të zbuluara nga DAAN Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI, dhe Sansure Biotech 2019-NCOV janë gjithashtu plotësisht në përputhje me CRS (K ≥ 0.925). Në këtë analizë krahasuese, testi chi-katror (testi McNemar) tregoi se rezultatet e provës sansure Biotech 2019-NCOV ishin dukshëm të ndryshme nga rezultatet e CRS (p = 0.031) (Tabela 2).
Siç tregohet në FIG.1 Përqindja e vlerës më të ulët të CT (<20 ct) e provës Abbott SARS-COV-2 (Gene RDRP e kombinuar dhe N) ishte 87.6% dhe ORF1A/B GENE Vlera CT e Sansure Biotech 2019-NCOV tregoi se përqindja e vlerës së ulët të CT (<20 ct) ishte 50.3% dhe vlera e lartë e CT (36-40 ct) ishte 3.2%. 1 Përqindja e vlerës më të ulët të CT (<20 ct) e provës Abbott SARS-COV-2 (Gene RDRP e kombinuar dhe N) ishte 87.6% dhe ORF1A/B GENE Vlera CT e Sansure Biotech 2019-NCOV tregoi se përqindja e vlerës së ulët të CT (<20 ct) ishte 50.3% dhe vlera e lartë e CT (36-40 ct) ishte 3.2%.Siç tregohet në FIG.1, ct (<20 ct) анализ Abbott Sars-CoV-2 (комбинининный ген rdrp и n) ORF1A/B анализа Sansure Biotech 2019-Ncov пказало что \ составriz 3,2%. 1, përqindja e analizës më të ulët të vlerës së CT (<20 ct) të Abbott SARS-COV-2 (Gene RDRP e kombinuar dhe N) ishte 87.6%, dhe vlera e CT e ORF1A/B gjenit të analizës së gjenit të sansure Biotech 2019-NCOV tregoi se përqindja e vlerës së ulët të CT (<20 ct) llogaritte për 50.3%, dhe vlera e lartë CT (36–40 CT) për përqindjen e vlerës së ulët të CT (<20 ct) llogarit për 50.3%, dhe vlera të larta CT (36–40 CT) për përqindjen e 3. vlerës së ulët të CT (<20 ct) llogarit për 50.3%, dhe vlera të larta CT (36–40 CT).如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 rdrp 和 n 基因） 的最低 ct 值百分比 （<20 ct） 87.6%， sansure bioteknike 2019-ncov 检测的 ORF1A/b 基因 ct 值显示低 ct 值 (<20 ct) 的百分比为 50.3%， 高 值 (36–40 ct) 的百分比为 基因 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 36-40 ct 的百分比为。 的百分比为 的百分比为 36-40 ct 的百分比为 的百分比为 CT。 的百分比为 的百分比为 CT 值 的百分比为 CT 值显示低 CT 值显示低 CT 值显示低 CT 值显示低 CT. Siç tregohet në Figurën 1, përqindja më e ulët e vlerës së CT (<20 ct) e testit Abbott SARS-COV-2 (kombinimi i gjenit RDRP dhe N është 87.6%, ORF1A/B GENE Vlera e CT e Sansure Biotech 2019-NCOV tregon CT të ulët CT 值 (<20 ct) 的 përqindje është 50.3%, 高 ct 值 (36–40-Ct) 的 Ct) 的 的 CT) 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 ( 3.2%. Как пказано на рисе 1, анализ Abbott Sars-Cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) и 199 размере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b В иследовании Sansure Biotech 2019- анализ ncov пкал низкий ct. Siç tregohet në Figurën 1, analiza Abbott SARS-COV-2 (duke kombinuar gjenet RDRP dhe N) kishte vlerën e përqindjes më të ulët të CT (<20 ct) në 87.6%, ndërsa vlera e CT e gjenit ORF1A/B në studimin Sansure Biotech 2019-analiza e NCOV tregoi një CT të ulët. Роцент значений (<20 ct) составил 50,3%, а а п ыыент ыысоких значений Ct (36-40 ct) составил 3,2%. Përqindja e vlerave (<20 ct) ishte 50.3%, dhe përqindja e vlerave të larta të CT (36-40 ct) ishte 3.2%.Testi Abbott SARS-COV-2 B regjistroi vlerat CT mbi 30. Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-COV-2 ORF1A/B gjeni kishte një vlerë të lartë CT (> 36 ct) përqindja ishte 4% (Fig. 1). Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-COV-2 ORF1A/B gjeni kishte një vlerë të lartë CT (> 36 ct) përqindja ishte 4% (Fig. 1). С друой стороны, в анализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b имел las ысокое значение Ct (> 36 ct),. Nga ana tjetër, në analizën e gjenit BGI SARS-COV-2 ORF1A/B kishte një vlerë të lartë CT (> 36 ct), përqindja e së cilës ishte 4% (Fig. 1).另一方面 ， 在 bgi sars-cov-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值> 36 ct 的百分比为 4%（图 1。。。 Nga ana tjetër, në zbulimin BGI SARS-COV-2, përqindja e gjenit ORF1A/B me vlerë të lartë CT (> 36 ct) është 4% (Figura 1). С друой стороны, в анализе bgi sars-cov-2 \ пеент генов orf1a/b с ы ысокими значенияrë ct (> 36 ct) с lejmb 4% (р. 1). Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-COV-2, përqindja e gjeneve ORF1A/B me vlera të larta CT (> 36 ct) ishte 4% (Fig. 1).
Në këtë studim, morëm 164 mostra nazofaringjike. Për të gjitha llojet e analizave, izolimi dhe amplifikimi i ARN -së u krye duke përdorur metodat dhe kompletet e rekomanduara nga prodhuesit përkatës.
Ky studim demonstroi se testi i Abbott për SARS-COV-2 ka të njëjtën performancë të zbulimit si CRS, me 100% pozitiv, negativ dhe pajtim të përgjithshëm. Marrëveshja e Kappa e Cohen është 1.00, duke treguar marrëveshje të plotë me CRS. Një studim i ngjashëm nga Universiteti i Uashingtonit në SH.B.A. zbuloi se ndjeshmëria e përgjithshme dhe specifikimi i testit Abbott për SARS-COV-2 ishte 93% dhe 100%, përkatësisht, në krahasim me analizën e përcaktuar laboratorin (LDA) të CDC. 11. Sistemi i zbulimit Abbott SARS-COV-2 bazohet në zbulimin e kombinuar të njëkohshëm të gjeneve N dhe RDRP, pasi të dy gjenet janë më të ndjeshme, duke minimizuar negativët e rremë12. Një studim në Vjenë, Austri gjithashtu tregoi se vëllimet e mëdha të mostrës së nxjerrjes dhe vëllimet eluente të zbulimit minimizuan efektet e hollimit dhe rritjen e efikasitetit të zbulimit13. Kështu, ndeshja e përsosur e Abbott për analizën SARS-COV-2 mund të shoqërohet me një sistem të zbulimit të platformës që njëkohësisht zbulon gjenet kombinuese, nxjerr një numër të madh të mostrave (0.5 ml), dhe përdor një sasi të madhe eluente (40 μl).
Rezultatet tona treguan gjithashtu se performanca e zbulimit të testit gjenetik DAAN ishte pothuajse e njëjtë me atë të CRS. Kjo është në përputhje me një studim14 të kryer në Universitetin Anhui në Huainan, Kinë, dhe pretendimin e prodhuesit për 100% marrëveshje pozitive. Megjithë raportet e rezultateve të vazhdueshme, një mostër ishte e rreme negative pas rivendosjes së të njëjtës elitare, por ishte pozitiv në analizat Abbott SARS-COV-2 dhe Sansure Biotech NCOV-2019. Kjo sugjeron që mund të ketë ndryshueshmëri në rezultate në lloje të ndryshme të analizave. Sidoqoftë, në studimin e kryer në Kinë15, rezultati i analizës së gjenit DAAN ishte dukshëm i ndryshëm (p <0.05) në krahasim me analizën e referencës së tyre të përcaktuar nga laboratori. Sidoqoftë, në studimin e kryer në Kinë15, rezultati i analizës së gjenit DAAN ishte dukshëm i ndryshëm (p <0.05) në krahasim me analizën e referencës së tyre të përcaktuar nga laboratori. Тем не менее, В исседовании, flоведенноrë к китае15, резow ьтататат ​​анализа daan Gene лаораторного эталонногale анализа. Sidoqoftë, në një studim në Kinë15, rezultati i analizës së gjenit DAAN ishte dukshëm i ndryshëm (p <0.05) nga analiza e tyre e referencës laboratorike.然而 ， 15 ， （（p <0.05）。然而 ， 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако В иследовании, пведенноrë к китае15, резow сравнению е еталоным лаборатоres тестом. Sidoqoftë, në një studim në Kinë15, rezultatet e testit gjenetik të DAAN ishin dukshëm të ndryshme (p <0.05) në krahasim me testin e tij laboratorik të referencës.Kjo mospërputhje mund të jetë për shkak të ndjeshmërisë së testit të referencës për të zbuluar SARS-COV-2, dhe studimet e mëtutjeshme mund të jenë të rëndësishme për të përcaktuar shkakun.
Për më tepër, studimi ynë vlerësoi performancën krahasuese të analizës SARS-COV-2 BGI me CRS, duke treguar marrëveshje të shkëlqyeshme pozitive të përqindjes (PPA = 97.9%), marrëveshje përqindje negative (NPA = 100%), dhe marrëveshje të përgjithshme të përqindjes sipas gjinisë (OPA). ). = 98.8%). Vlerat e Kappa të Cohen treguan marrëveshje të mirë (k = 0.975). Studimet në Hollandë16 dhe Kinë15 kanë treguar rezultate të vazhdueshme. Testi SARS-COV-2 BGI është një test i vetëm i zbulimit të gjenit (ORF1A/B) duke përdorur 10 μL amplifikim/zbulim të elit. Megjithë marrëveshjen e mirë statistikore me rezultatet tona të referencës, analiza humbi dy mostra pozitive (1.22%) të mostrës totale. Kjo mund të ketë implikime të mëdha klinike për dinamikën e transmetimit në nivelin e pacientit dhe komunitetit.
Një tjetër analizë krahasuese e përfshirë në këtë studim ishte prova sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Përqindja e përgjithshme e ndeshjes ishte 96.3%. Forca e marrëveshjes u përcaktua gjithashtu nga vlera Kappa e Cohen, e cila ishte 0.925, duke treguar marrëveshje të plotë me CRS. Përsëri, rezultatet tona janë identike me studimet e kryera në Universitetin Qendror të Jugut në Changsha, Kinë, dhe në Departamentin e Laboratorit Klinik të Spitalit Popullor Liuuzhou, Qyteti Liuzhou, Kinë17. Edhe pse u regjistrua përputhja e mësipërme e mirë statistikore, testi chi-katror (testi MacNemar) tregoi se rezultati i analizës së bioteknikës sansure ka pasur një ndryshim statistikisht të rëndësishëm në krahasim me CRS (p <0.005). Edhe pse u regjistrua përputhja e mësipërme e mirë statistikore, testi chi-katror (testi MacNemar) tregoi se rezultati i analizës së bioteknikës sansure ka pasur një ndryshim statistikisht të rëndësishëm në krahasim me CRS (p <0.005). Несмотря на т т, ыто ыыло зафиксировано уазаное Выше хорошее статисесren (критерий макнеnet 0,005). Megjithëse u regjistrua marrëveshja e mirë statistikore e mësipërme, testi chi-katror (testi McNemar) tregoi se rezultati i analizës së bioteknikës sansure kishte një ndryshim statistikisht të rëndësishëm në krahasim me CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， （（macnemar 检验） 表明 ， sansure bioteknike 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异 （p <0.005）尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 但 检验 （（（macnemar 检验 表明 ， ， sansure bioteknike 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（（p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））））））））））））））））） Несмотря н о drith статистически значимow разниц\ (p <0,005) междow анализом sanure Biotech и crs. Megjithë marrëveshjen e mirë statistikore të përmendur më lart, testi chi-katror (testi McNemar) tregoi një ndryshim statistikisht të rëndësishëm (p <0.005) midis analizës së bioteknikës sansure dhe CRS.Gjashtë mostra (3.66%) u zbuluan se ishin negativë të rremë në krahasim me CRS (Tabela plotësuese 1); Kjo është shumë e rëndësishme, veçanërisht duke pasur parasysh dinamikën e transmetimit të virusit. Të dhënat e mësipërme gjithashtu mbështesin këtë normë të ulët të zbulimit15.
Në këtë studim, vlerat e CT u përcaktuan për secilën analizë dhe platformë përkatëse, me vlerën mesatare më të ulët të CT të raportuar në analizën Abbott SARS-COV-2. Ky rezultat mund të lidhet me sistemin e testimit gjenetik të kombinuar të njëkohshëm të Abbott për zbulimin e SARS-COV-2. Prandaj, sipas figurës 1, 87.6% e rezultateve Abbott SARS-COV-2 kishin vlera të CT nën 20. Vetëm një numër i vogël i rezultateve të mostrës (12.4%) ishin në intervalin 20-30. Vlerat e CT mbi 30 nuk u regjistruan. Përveç përdorimit të Abbott të formatit të testimit gjenetik të panelit SARS-COV-2, ky rezultat mund të lidhet me kufirin më të ulët të zbulimit (32.5 kopje të ARN-së/ml) 18, i cili është tre herë më i ulët se kufiri i ulët i kompanisë prej 100 kopjeve të ARN-së/ml. ml) 19.
Ky studim ka disa kufizime: Së pari, ne nuk kemi metoda standarde/referencë [të tilla si ngarkesa virale ose teste të tjera laboratorike (LDA)] për shkak të mungesës së burimeve. Së dyti, të gjitha ekzemplarët e përdorur në këtë studim ishin shtupat nazofaringale, ndërsa rezultatet nuk ishin të zbatueshme për llojet e tjera të ekzemplarëve, dhe së treti, madhësia e mostrës sonë ishte e vogël.
Ky studim krahasoi performancën e katër analizave RRT-PCR për SARS-COV-2 duke përdorur mostra nazofaringeale. Të gjitha analizat e zbulimit kishin një performancë gati të krahasueshme, me përjashtim të analizës së bioteknikës sansure. Për më tepër, shkalla e ulët e pozitivitetit u identifikua në analizën e bioteknikës sansure në krahasim me CRS (p <0.05). Për më tepër, shkalla e ulët e pozitivitetit u identifikua në analizën e bioteknikës sansure në krahasim me CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте sansure biotech ыыhem ыыlar низкий \ прент положительных резow ьтатов п с hению с crs (p <0,05). Për më tepër, testi i bioteknikës sansure tregoi një përqindje të ulët të rezultateve pozitive në krahasim me CRS (p <0.05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05) Кроме того, анализ sanure biotech имел более низкий уовень положительных резow ьтатов п свнению с Crs (P <0,05). Për më tepër, analiza e bioteknikës sanure kishte një normë më të ulët pozitiviteti në krahasim me CRS (p <0.05).Analiza Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) e PPA, NPA dhe marrëveshja e përgjithshme tejkaloi 93.5% me një forcë Cohen Kappa me vlerë të marrëveshjes prej 0.925. Më në fund, Assay Biotech Sansure (RUO) ka nevojë për vlefshmëri të mëtejshme për përdorim në Etiopi, dhe hulumtimet shtesë duhet të konsiderohen për të vlerësuar pretendimet nga prodhuesit individualë.
Dizajni krahasues i studimit u krye në katër institucione shëndetësore në Addis Ababa, Spitali Eka Kotebe, Qendra e Trajtimit të Kishave të Mijëvjeçarit, Spitali Memorial i Zewooditu dhe Spitali i Specialist i Tuberkulozit të Shën Pjetrit. Të dhënat u mblodhën midis 1 dhe 31 dhjetorit 2020. Objektet mjekësore për këtë studim u zgjodhën me qëllim bazuar në numrin e madh të rasteve të tyre dhe disponueshmërinë e qendrave kryesore të trajtimit në qytet. Në mënyrë të ngjashme, instrumentet, përfshirë ABI 7500 dhe Abbott M2000 instrumente PCR në kohë reale, u zgjodhën sipas rekomandimeve të prodhuesve të reagentëve NAAT, dhe katër komplete të zbulimit të PCR u zgjodhën për këtë studim, pasi shumica e laboratorëve në Etiopi përdorën të paktën katër prej tyre. Testi i gjenit, testi Abbott SARS-COV-2, testi i bioteknikës sansure dhe testi SARS-COV-2 BGI i kryer gjatë studimit).
Testimi për SARS-COV-2 u krye nga 1 deri në 30 dhjetor 2020 duke përdorur 3 ml të mediumit të transportit viral (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kinë) nga individë nën hetim për COVID-19 i referuar EPHI. Mostrat nasofaringeal u mblodhën nga mbledhësit e trajnuar të mostrave dhe u dërguan në EPHI në pako të trefishtë. Para izolimit të acidit nukleik, secilit mostër i është caktuar një numër unik identifikimi. Nxjerrja kryhet nga secila mostër menjëherë pas mbërritjes duke përdorur metoda manuale dhe automatike të nxjerrjes. Kështu, për nxjerrjen automatike të Abbott M2000, 1.3 ml (përfshirë 0.8 ml vëllim të vdekur dhe vëllimin e hyrjes së ekstraktimit 0.5 ml) të mostrës u ekstraktua nga secili mostër dhe kaloi përmes sistemit të përgatitjes së mostrës Abbott ADN (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) Një grup prej 96 [92 mostrash, dy kontrolle zbulimi dhe dy kontrolle jo të parakohshme (NTC)] u përfshi në procesin e përgjithshëm (rikthimin dhe zbulimin) të dy raundeve të SARS-COV-2 (EUA) në kohë reale. miniera Në mënyrë të ngjashme, për nxjerrjen manuale, përdorni të njëjtat mostra (për nxjerrjen automatike dhe zbulimin). Kështu, gjatë gjithë procesit, 140 mostra μl u alikuan dhe u ekstraktuan duke përdorur QIAamp Viral ARN Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Gjermani) në tufa prej 24 (përfshirë 20 mostra, dy kontrolle analizash dhe dy NTC) mbi nëntë raunde. Eluatet e nxjerra me dorë u përforcuan dhe u zbuluan duke përdorur një cikler termik ABI 7500 duke përdorur analizën SARS-COV-2 BGI, analizën e gjeneve DAAN dhe provën e bioteknit të sansure.
Izolimi i automatizuar dhe pastrimi i ARN-së virale SARS-COV-2 ndjek parimin e rruazës magnetike duke përdorur reagentët e përgatitjes së mostrës ABBOTT të ADN-së. Inaktivizimi i mostrave dhe solubilizimi i grimcave virale kryhet duke përdorur një pastrues që përmban izothiocyanate guanidine për të denaturuar proteinën dhe për të çaktivizuar RNase. ARN më pas ndahet nga proteina nga ndarja e fazës së ngurtë duke përdorur silicë, d.m.th. kripën e Guanidinium dhe pH alkalik të tamponit të lizës promovojnë lidhjen e acideve nukleike me silicën (SiO2). Hapi i shpëlarjes heq proteinat dhe mbeturinat e mbetura për të prodhuar një zgjidhje të qartë. ARN transparente është e izoluar nga mikropartikulat me bazë silicë duke përdorur fushën magnetike të instrumentit20,21. Nga ana tjetër, izolimi manual dhe pastrimi i ARN -së kryhet me metodën e kolonës rrotulluese duke përdorur centrifugimin në vend të një qëndrimi magnetik dhe ndarjes së mikropartikujve nga eluenti.
Testi i zbulimit SARS-COV-2 në kohë reale Abbott (Abbott Molecular, Inc.) u krye sipas udhëzimeve të prodhuesit, të cilat morën EUA19,22 nga WHO dhe FDA. Në këtë protokoll, mosveprimi i mostrës para nxjerrjes të kryhej në një banjë uji në 56 ° C për 30 min. Pas joaktivizimit të virusit, nxjerrja e acidit nukleik u krye në një instrument Abbott M2000 SP nga 0.5 ml VTM duke përdorur një sistem të përgatitjes së mostrës së ADN -së Abbott M2000. Sipas prodhuesit. Amplifikimi dhe zbulimi u kryen duke përdorur një instrument Abbott M2000 RT-PCR, dhe zbulimi i dyfishtë u krye për gjenet RDRP dhe N. Rox) dhe Vic P (bojë e pronarit) për shënjestrimin dhe zbulimin e kontrolleve të brendshme, duke lejuar zbulimin e njëkohshëm të të dy produkteve të amplifikimit 19.
Metoda e zbulimit të amplifikimit të këtij kompleti bazohet në teknologjinë me një hap RT-PCR. Gjenet ORF1A/B dhe N u zgjodhën si rajone të konservuara nga teknologjia e gjeneve DAAN për të zbuluar amplifikimin e rajonit të synuar. Abetaret specifike dhe sondat fluoreshente (sondat e gjeneve N të etiketuara me fam, sondat ORF1A/B të etiketuara me VIC) janë krijuar për të zbuluar ARN SARS-COV-2 në mostra. Mixes Eluent dhe Master Final u përgatitën duke shtuar 5 μL eluent në 20 μL të Master Mix në një vëllim përfundimtar prej 25 μL. Amplifikimi dhe zbulimi u kryen njëkohësisht në një instrument PCR në kohë reale ABI 750024.
Gjenet ORF1A/B dhe N u zbuluan duke përdorur kompletin diagnostikues të acidit nukleik Sansure Biotech NCOV-2019 (zbulimi fluoreshente PCR). Përgatitni sonda specifike për secilin gjen të synuar duke zgjedhur kanalin FAM për rajonin ORF1A/B dhe kanalin ROX për gjenin N. Në këtë çantë provash, reagentët eluent dhe master miks shtohen si më poshtë: Përgatitni 30 μL Reagent Master Mix dhe 20 μL mostër të zgjatur për zbulimin/amplifikimin. PCR ABI 750025 në kohë reale është përdorur për amplifikim/zbulim.
Testi SARS-COV-2 BGI është një çantë fluoreshente RRT-PCR në kohë reale për diagnozën e COVID-19. Rajoni i synuar është i vendosur në rajonin ORF1A/B të gjenomit SARS-COV-2, i cili është një metodë e vetme e zbulimit të gjenit. Për më tepër, gjeni i shtëpisë njerëzore β-actin është një gjen i synuar i rregulluar nga brenda. Përzierja master përgatitet duke përzier 20 μL të reagentit Master Mix dhe 10 μL të mostrës së ARN -së së nxjerrë në një puse të pusit26. Një instrument sasior fluoreshente ABI 7500 PCR me kohë reale PCR u përdor për amplifikim dhe zbulim. Të gjitha amplifikimin e acidit nukleik, kushtet e drejtimit të PCR për secilën analizë dhe interpretimi i rezultateve u kryen sipas udhëzimeve të prodhuesit përkatës (Tabela 3).
Në këtë analizë krahasuese, ne nuk kemi përdorur metodën e standardit të referencës për të përcaktuar marrëveshjen e përqindjes (pozitive, negative dhe në përgjithësi) dhe parametrat e tjerë të krahasimit për katër analizat. Eachdo krahasim i provës është bërë me CRS, në këtë studim CRS ishte vendosur nga rregulli "çdo pozitiv" dhe rezultati u përcaktua, jo nga një test i vetëm, ne përdorëm të paktën dy rezultate të testit të përputhura. Për më tepër, në rastin e transmetimit COVID-19, rezultatet e rreme negative janë më të rrezikshme sesa rezultatet pozitive false. Prandaj, për të thënë "pozitiv" sa më saktë që të jetë e mundur nga një rezultat i CRS, të paktën dy teste provash duhet të jenë pozitive, do të thotë se të paktën një rezultat pozitiv ka të ngjarë të vijë nga një analizë EUA. Kështu, nga katër rezultatet e provës, dy ose më shumë rezultate të testit që japin të njëjtin rezultat konsiderohen të vërteta pozitive ose negative18,27.
Të dhënat u mblodhën duke përdorur forma të strukturuara të nxjerrjes së të dhënave, futja dhe analiza e të dhënave u kryen duke përdorur softuerin statistikor Excel dhe versionin 23.0 SPSS për statistikat përshkruese. U analizuan marrëveshja pozitive, negative dhe e përgjithshme për qind, dhe u përdor një rezultat kappa për të përcaktuar shkallën e marrëveshjes së secilës metodë me CRS. Vlerat e Kappa interpretohen si më poshtë: 0.01 deri 0.20 për marrëveshje të butë, 0.21 deri 0.40 për marrëveshje të përgjithshme, 0.41-0.60 për marrëveshje të moderuar, 0.61-0.80 për marrëveshje madhore dhe 0.81-0.99 për marrëveshje të plotë28.
Pastrimi etik u mor nga Universiteti i Addis Ababa dhe të gjitha protokollet eksperimentale për këtë studim u miratuan nga Bordi i Rishikimit të Etikës Shkencore të Institutit Publik të Etiopisë. Numri i referencës për licencën e etikës EPHI është EPHI/IRB-279-2020. Të gjitha metodat u aplikuan në përputhje me rekomandimet dhe dispozitat e Udhëzimeve Gjithëpërfshirëse Kombëtare të Etiopisë për trajtimin e COVID-19. Për më tepër, pëlqimi i informuar me shkrim u mor nga të gjithë pjesëmarrësit e studimit para pjesëmarrjes në studim.
Të gjitha të dhënat e marra ose të analizuara në këtë studim përfshihen në këtë artikull të publikuar. Të dhënat që mbështesin rezultatet e këtij studimi janë në dispozicion nga autori përkatës me kërkesë të arsyeshme.
Organizata Botërore e Shëndetësisë. Rekomandime për strategjitë e testimit laboratorik për COVID-19: Udhëzime të Përkohshme, 21 Mars 2020 Nr. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 Diagnostifikim i zgjuar në departamentin e urgjencës: Gjithë në praktikë. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 Diagnostifikim i zgjuar në departamentin e urgjencës: Gjithë në praktikë.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dhe Gurgulianis, Ki Diagnostifikimi Inteligjent i COVID-19 në departamentin e urgjencës: gjithçka në praktikë.Muliou DS, Pantazopoulos I. dhe Gurgulyanis Ki Diagnostifikimi Inteligjent i COVID-19 në departamentet e urgjencës: Integrimi nga fundi në fund në praktikë. Reverend Expert Reverend. bar. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & ST George, K. Vlerësimi i analizës së ID -së COVID19 Tani EUA. Mitchell, SL & ST George, K. Vlerësimi i analizës së ID -së COVID19 Tani EUA.Mitchell, SL dhe St. George, K. Vlerësimi i analizës së ID -së COVID19 Tani EUA.Mitchell SL dhe St. George K. Vlerësimi i analizës së ID -së COVID19 Tani EUA. J. Klinike. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OBSH. Zbulimi laboratorik i sëmundjes së koronavirusit 2019 (COVID-19) në sëmundjen e dyshuar të njeriut. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (qasur 15 gusht 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnoza COVID-19: Sëmundjet dhe mjetet e testimit. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Themelimi i Kolegjit të Patologëve të Afrikës Lindore, Qendrore dhe Jugore - Shkolla Rajonale e Patologjisë së Lindjes së Mesme dhe Afrikës së Jugut. Afrika J. Lab. bar. 9 (1), 1-8 (2020).
Instituti Etiopian i Shëndetit Publik, Ministria Federale e Shëndetësisë. Strategjia e Përkohshme Kombëtare dhe Udhëzimi për Diagnostifikimin Laborator të COVID-19. https:
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, si teste të rreme negative për sfidat dhe implikimet e infeksionit SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, si teste të rreme negative për sfidat dhe implikimet e infeksionit SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. dhe Kesselheim si teste të rreme-negative për infeksionet SARS-COV-2 dhe pasojat e tyre.Voloshin S., Patel N. dhe Kesselheim si teste të rreme-negative për provokimin dhe ndikimin e infeksionit SARS-COV-2. N. Eng. J. Mjekësia. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Rastet e FALSE-pozitive dhe të rreme-negative COVID-19: Strategjitë e parandalimit dhe menaxhimit të frymëmarrjes, vaksinimet dhe perspektivat e mëtejshme. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Rastet e FALSE-pozitive dhe të rreme-negative COVID-19: Strategjitë e parandalimit dhe menaxhimit të frymëmarrjes, vaksinimet dhe perspektivat e mëtejshme. Mouliou, ds & Gourgoulianis, Ki ложнорожительные и лжноотрицатель\ Вакцинация и дальнейшие \ Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Rastet negative pozitive dhe të rreme të rreme të COVID-19: Strategjitë e parandalimit dhe trajtimit të frymëmarrjes, vaksinimet dhe rrugën përpara.Muliu, DS dhe Gurgulianis, Ki Rastet e rreme pozitive dhe të rreme-negative të COVID-19: Strategjitë për parandalimin dhe trajtimin e frymëmarrjes, vaksinimin dhe rrugën përpara. Reverend Expert Reverend. bar. 15 (8), 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnostifikimi në departamentin e urgjencës: duke parë pemën, por duke humbur pyllin. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnostifikimi në departamentin e urgjencës: duke parë pemën, por duke humbur pyllin.Mouliou, DS, Ioannis, P. dhe Konstantinos, G. COVID-19 Diagnoza në departamentin e urgjencës: Shihni pemën, humbni pyllin.Muliou DS, Ioannis P., dhe Konstantinos G. COVID-19 Diagnostifikimi në dhomat e urgjencës: jo pyje të mjaftueshme për pemët. Shfaqem. bar. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validimi dhe vërtetimi i performancës analitike dhe klinike të analizës Abbott Realtime SARS-COV-2. J. Klinike. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasimi Pesë abetare nga rajoni i ndryshëm i gjenomit të COVID-19 për zbulimin e infeksionit të virusit nga RT-PCR konvencionale. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasimi i pesë grupeve abetare nga rajone të ndryshme të gjenomit të COVID-19 për zbulimin e infeksionit të virusit nga RT-PCR konvencionale.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. dhe Aflatunyan, B. Krahasimi i pesë grupeve të abetareve nga rajone të ndryshme të gjenomit COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral nga RT-PCR konvencionale. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 用于通过常规 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasimi i 5 rajoneve të ndryshme gjenetike të COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral nga RT-PCR konvencionale.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-nenestanaki D, Fazlalipour M. dhe Aflatunyan B. Krahasimi i pesë grupeve të abetareve nga rajone të ndryshme të gjenomit COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral nga RT-PCR konvencionale.Irani J. Mikrobiologjia. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Rezultatet paraprake të programit kombëtar të vlerësimit të cilësisë së jashtme për zbulimin e sekuencave të gjenomit SARS-COV-2. J. Klinike. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Vlerësimi analitik i efikasitetit të pesë kompleteve RT-PCR për sindromën e rëndë të frymëmarrjes akute Coronavirus 2. J. Klinike. laborator anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Vlerësimi i shtatë kompleteve të zbulimit të ARN SARS-COV-2 në dispozicion komercialisht në Kinë bazuar në reaksionin e zinxhirit polimerazë në kohë reale (PCR). klinik. Kimik. laborator bar. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Krahasimi i shtatë kompleteve diagnostikuese RT-PCR RT-PCR-PCR. J. Klinike. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Krahasimi i performancës diagnostike të dy kompleteve PCR për zbulimin e acideve nukleike SARS-COV-2. J. Klinike. laborator anus. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, etj. Një studim krahasues i katër platformave të testimit të amplifikimit të acidit nukleik SARS-COV-2 (NAAT) tregoi se performanca e ID tani ishte degraduar në mënyrë të konsiderueshme në varësi të pacientit dhe llojit të mostrës. diagnoza. Mikrobiologji. Infeksion. dis. 99 (1), 115200 (2021).
Molekula Abbott. Abbott në kohë reale SARS-COV-2 Analiza Insert. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Që nga 10 gusht 2020) (2020).
Klein, S. et al. Izolimi i ARN SARS-COV-2 duke përdorur rruaza magnetike për zbulimin e shpejtë në shkallë të gjerë nga RT-QPCR dhe RT-LAMP. Virusi 12 (8), 863 (2020).