Performanca e katër analizave të amplifikimit të acidit nukleik për të identifikuar SARS-CoV-2 në Etiopi

Faleminderit që vizituat Nature.com. Ju jeni duke përdorur një version të shfletuesit me mbështetje të kufizuar CSS. Për përvojën më të mirë, ju rekomandojmë të përdorni një shfletues të përditësuar (ose çaktivizoni modalitetin e përputhshmërisë në Internet Explorer). Përveç kësaj, për të siguruar mbështetje të vazhdueshme, ne e shfaqim sajtin pa stile dhe JavaScript.
Shfaq një karusel me tre rrëshqitje njëherësh. Përdorni butonat Previous dhe Next për të lëvizur nëpër tre rrëshqitje në të njëjtën kohë, ose përdorni butonat rrëshqitës në fund për të lëvizur nëpër tre rrëshqitje në të njëjtën kohë.
Që nga shpërthimi i sëmundjes së koronavirusit (COVID-19) në vitin 2019, shumë teste komerciale të amplifikimit të acidit nukleik (NAAT) janë zhvilluar në mbarë botën dhe janë bërë analiza standarde. Megjithëse disa teste u zhvilluan shpejt dhe u aplikuan në testet diagnostike laboratorike, performanca e këtyre testeve nuk është vlerësuar në një sërë mjedisesh. Prandaj, ky studim synonte të vlerësonte performancën e analizave Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI dhe Sansure Biotech duke përdorur Standardin e Referencës së Përbërë (CRS). Studimi u krye në Institutin e Shëndetit Publik të Etiopisë (EPHI) nga 1 deri më 30 dhjetor 2020. 164 mostra nazofaringeale u nxorën duke përdorur mini-kitin QIAamp RNA dhe sistemin e përgatitjes së mostrave të ADN-së Abbott. Nga 164 ekzemplarë, 59.1% ishin pozitive dhe 40.9% ishin negative për CRS. Pozitiviteti i Sansure Biotech ishte dukshëm i ulët në krahasim me CRS (p <0.05). Pozitiviteti i Sansure Biotech ishte dukshëm i ulët në krahasim me CRS (p <0.05). Rezultati i Sansure Biotech është shumë i rëndësishëm për CRS (p < 0,05). Rezultatet pozitive të Sansure Biotech ishin dukshëm më të ulëta në krahasim me CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. Në Sansure Biotech do të jetë shumë më i vogël se sa më shumë për sravneniyu me CRS (p < 0,05). Sansure Biotech kishte dukshëm më pak rezultate pozitive në krahasim me CRS (p <0.05).Përputhja e përgjithshme e katër analizave ishte 96.3–100% krahasuar me CRS. Përveç shkallës së ulët të pozitivitetit të analizës Sansure Biotech, performanca e katër analizave ishte pothuajse e krahasueshme. Si e tillë, analiza e Sansure Biotech [Vetëm Hulumtim (RUO)] kërkon vërtetim shtesë për përdorimin e saj në Etiopi. Së fundi, duhet të merren parasysh kërkime shtesë për të vlerësuar analizat me pretendimet e duhura të prodhuesit.
Testimi laboratorik është pjesë e Planit Strategjik të Organizatës Botërore të Shëndetësisë (OBSH) për Gatishmërinë dhe Reagimin ndaj Sëmundjeve Coronavirus 2019 (COVID-19) (SPRP). OBSH këshillon që vendet duhet të ndërtojnë kapacitete laboratorike për të përmirësuar gatishmërinë, menaxhimin e duhur të rasteve, vigjilencën dhe reagimin e shpejtë ndaj sfidave të shëndetit publik. Kjo sugjeron se roli i laboratorit është kyç për karakterizimin e sëmundjes dhe epidemiologjisë së agjentëve infektivë në zhvillim dhe kontrollin e përhapjes së tyre.
Diagnoza e COVID-19 kërkon informacion epidemiologjik dhe mjekësor, simptoma/shenja personale dhe të dhëna radiografike dhe laboratorike2. Që kur u raportua shpërthimi i COVID-19 në Wuhan, Kinë, shumë teste komerciale të amplifikimit të acidit nukleik (NAAT) janë zhvilluar në mbarë botën. Reaksioni zinxhir i polimerazës së transkriptimit të kundërt në kohë reale (rRT-PCR) është përdorur si një metodë rutinë dhe standarde për diagnostikimin laboratorik të infeksionit të sindromës së rëndë akute të frymëmarrjes 2 (SARS-CoV-2)3. Zbulimi molekular i SARS-CoV-2 bazohet në mënyrë tipike në gjenet N (gjeni i proteinës nukleokapsid), E (gjeni i proteinës së mbështjelljes) dhe RdRp (gjeni i ARN-polimerazës së varur nga ARN) në ORF1a/b (korniza e hapur e leximit 1a/b). gjen) rajon i identifikuar nga gjenomi viral. Ato konsiderohen të jenë rajonet kryesore të konservuara që gjenden në gjenomet virale për njohjen e virusit4. Midis këtyre gjeneve, gjenet RdRp dhe E kanë ndjeshmëri të lartë zbuluese analitike, ndërsa gjenit N ka ndjeshmëri të ulët analitike5.
Performanca e analizave PCR mund të ndryshojë në varësi të faktorëve të ndryshëm si: reagentët ekstraktues, reagjentët e amplifikimit/zbulimit, metoda e nxjerrjes, cilësia e makinës PCR dhe instrumente të tjera. Që nga prilli 2020, më shumë se 48 pajisje të ndryshme diagnostikuese nga nëntë vende kanë marrë Autorizimin e Përdorimit Emergjent (EUA) për diagnostikimin e COVID-196. Në Etiopi, më shumë se 14 platforma PCR në kohë reale përdoren për zbulimin PCR të SARS-CoV-2 në 26 institucione shëndetësore publike, duke përfshirë ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 dhe Quant-studio7. Përveç kësaj, janë në dispozicion komplete të ndryshme testimi PCR, si testi Daan Gene, testi Abbott SARS-CoV-2, testi Sansure Biotech dhe testi SARS-CoV-2 BGI. Megjithëse rRT-PCR është shumë i ndjeshëm, disa pacientë me COVID-19 raportojnë rezultate të rreme negative për shkak të kopjeve të pamjaftueshme të acidit ribonukleik viral (ARN) në mostra për shkak të grumbullimit, transportit, ruajtjes dhe trajtimit të pahijshëm dhe testeve laboratorike. kushtet dhe veprimet e personelit8. Për më tepër, keqpërdorimi i mostrës ose kontrollit, vendosja e pragut të ciklit (Ct) dhe ndër-reaktiviteti me acide të tjera nukleike patogjene ose ARN joaktive/reziduale të SARS-CoV-2 mund të çojnë në rezultate false pozitive në analizat rRT-PCR9. Kështu, është e qartë se testet PCR mund të identifikojnë vërtet bartësit e fragmenteve të gjeneve, pasi ato nuk mund të bëjnë dallimin midis gjeneve virale vërtet aktive, kështu që testet mund të identifikojnë vetëm bartësit dhe jo pacientët10. Prandaj, është e rëndësishme të vlerësojmë performancën diagnostike duke përdorur metoda standarde në mjedisin tonë. Megjithëse shumë reagentë NAAT janë të disponueshëm në Institutin e Shëndetit Publik Etiopian (EPHI) dhe në të gjithë vendin, ende nuk është raportuar një vlerësim krahasues i efektivitetit të tyre. Prandaj, ky studim synonte të vlerësonte performancën krahasuese të kompleteve të disponueshme në treg për zbulimin e SARS-CoV-2 nga rRT-PCR duke përdorur ekzemplarë klinikë.
Në këtë studim u përfshinë gjithsej 164 pjesëmarrës me të dyshuar COVID-19. Shumica e mostrave ishin nga qendrat e trajtimit (118/164 = 72%), ndërsa pjesa tjetër 46 (28%) pjesëmarrës ishin nga qendrat jo-trajtimi. Ndër pjesëmarrësit e patrajtuar në qendër, 15 (9.1%) kishin raste të dyshuara klinikisht dhe 31 (18.9%) kishin kontakte të rasteve të konfirmuara. Nëntëdhjetë e tre (56.7%) pjesëmarrës ishin meshkuj, dhe mosha mesatare (± SD) e pjesëmarrësve ishte 31.10 (± 11.82) vjeç.
Në këtë studim u përcaktuan normat pozitive dhe negative të katër testeve për COVID-19. Kështu, normat pozitive të analizës Abbott SARS-CoV-2, analizës Daan Gene 2019-nCoV, analizës SARS-CoV-2 BGI dhe Sansure Biotech 2019-nCoV ishin përkatësisht 59.1%, 58.5%, 57.9% dhe 55.5. Rezultatet pozitive dhe negative të standardit të përbërë të referencës (CRS) ishin përkatësisht 97 (59.1%) dhe 67 (40.9%) (Tabela 1). Në këtë studim, përkufizimi i CRS u bazua në rregullin "çdo pozitiv", ku nga katër rezultate të testit, dy ose më shumë rezultate të testit që dhanë të njëjtin rezultat u konsideruan të vërteta pozitive ose negative.
Në këtë studim, ne gjetëm një marrëveshje negative të përqindjes (NPA) prej 100% (95% CI 94.6–100) për të gjitha analizat në krahasim me CRS. Analiza e Bioteknologjisë Sansure tregoi një PPA minimale prej 93,8% (95% CI 87,2-97,1) dhe analiza Daan Gene 2019-nCoV kishte një marrëveshje të përgjithshme prej 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Në të kundërt, marrëveshja e përgjithshme midis analizës SARS-CoV-2 BGI dhe analizës Sansure Biotech 2019-nCoV ishte përkatësisht 98,8% dhe 96,3% (Tabela 2).
Koeficienti kappa i Cohen i marrëveshjes midis rezultateve të analizës CRS dhe Abbott SARS-CoV-2 ishte plotësisht i qëndrueshëm (K = 1.00). Në mënyrë të ngjashme, vlerat kappa të Cohen të zbuluara nga Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI dhe Sansure Biotech 2019-nCoV janë gjithashtu plotësisht në përputhje me CRS (K ≥ 0,925). Në këtë analizë krahasuese, testi chi-square (testi McNemar) tregoi se rezultatet e analizës Sansure Biotech 2019-nCoV ishin dukshëm të ndryshme nga rezultatet e CRS (p = 0,031) (Tabela 2).
Siç tregohet në Fig.1 përqindja e vlerës më të ulët të Ct (< 20 Ct) e analizës Abbott SARS-CoV-2 (gjeni i kombinuar RdRp dhe N) ishte 87.6% dhe vlera Ct e gjenit ORF1a/b e analizës Sansure Biotech 2019-nCoV tregoi se përqindja e vlerës së ulët Ct 20 ishte Ct e lartë (<3%). (36–40 Ct) ishte 3,2%. 1 përqindja e vlerës më të ulët të Ct (< 20 Ct) e analizës Abbott SARS-CoV-2 (gjeni i kombinuar RdRp dhe N) ishte 87.6% dhe vlera Ct e gjenit ORF1a/b e analizës Sansure Biotech 2019-nCoV tregoi se përqindja e vlerës së ulët Ct 20 ishte Ct e lartë (<3%). (36–40 Ct) ishte 3,2%.Siç tregohet në Fig.1, përqindja e vlerave të Ct (< 20 Ct) analiza e Abbott SARS-CoV-2 (kombinimi i gjeneve RdRp dhe N) përbëhej prej 87,6%, një domethënie Ct e njohur ORF1a/b analiza e Sansure Biotech 2019-nCoV (2019-nCoV). Ct) përbëhej 50,3%, dhe vlera e lartë e Ct (36–40 Ct) përbën 3,2%. 1, përqindja e analizës së vlerës më të ulët të Ct (< 20 Ct) të Abbott SARS-CoV-2 (gjeni i kombinuar RdRp dhe N) ishte 87.6%, dhe vlera Ct e analizës së gjenit ORF1a/b të Sansure Biotech 2019-nCoV tregoi se përqindja e vlerës së ulët të Ct 20% dhe Ct të lartë (<30). (36–40 Ct) përbënin 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 60%otech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值Ct (3)的百分比为3.2%. Siç tregohet në Figurën 1, përqindja më e ulët e vlerës së Ct (< 20 Ct) e testit Abbott SARS-CoV-2 (kombinimi i gjenit RdRp dhe N) është 87.6%, vlera Ct e gjenit ORF1a/b e testit Sansure Biotech 2019-nCoV tregon përqindje të ulët Ct 值 5 值 (<)高Ct 值(36–40 Ct) 的 përqindja është 3.2%. Si mund të shfaqet në risunke 1, analizuar Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий gjenы RdRp dhe N) emërohet vetëm më i ulët për qindarmën e Ct (< 20 Ct) në shumë 87,6%, një vlerë Ct në ORF1a/b Anani Ana12sle. nCoV показал низкий Ct. Siç tregohet në Figurën 1, analiza e Abbott SARS-CoV-2 (duke kombinuar gjenet RdRp dhe N) kishte vlerën më të ulët të përqindjes Ct (< 20 Ct) në 87.6%, ndërsa vlera Ct e gjenit ORF1a/b në studimin Sansure Biotech 2019 – Analiza e nCot tregoi një CV të ulët. Procent значений (< 20 Ct) përbën 50,3%, një përqindje vысоких значений Ct (36–40 Ct) përbën 3,2%. Përqindja e vlerave (< 20 Ct) ishte 50,3%, dhe përqindja e vlerave të larta të Ct (36-40 Ct) ishte 3,2%.Testi Abbott SARS-CoV-2 B regjistroi vlera të Ct mbi 30. Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-CoV-2, gjen ORF1a/b kishte një vlerë të lartë të Ct (> 36 Ct) përqindja ishte 4% (Fig. 1). Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-CoV-2, gjen ORF1a/b kishte një vlerë të lartë të Ct (> 36 Ct) përqindja ishte 4% (Fig. 1). Në një tjetër, në analizën e BGI SARS-CoV-2 gjen ORF1a/b me vlerën e madhe të Ct (> 36 Ct), përqindja e kotorogut është 4% (ris. 1). Nga ana tjetër, në analizën e gjenit BGI SARS-CoV-2, ORF1a/b kishte një vlerë të lartë të Ct (> 36 Ct), përqindja e së cilës ishte 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比伸 Nga ana tjetër, në zbulimin BGI SARS-CoV-2, përqindja e gjenit ORF1a/b me vlerë të lartë Ct (>36 Ct) është 4% (Figura 1). Në një tjetër, në analizën e BGI SARS-CoV-2 përqendrohet në ORF1a/b me vlera të Ct (>36 Ct) është 4% (ris. 1). Nga ana tjetër, në analizën BGI SARS-CoV-2, përqindja e gjeneve ORF1a/b me vlera të larta të Ct (>36 Ct) ishte 4% (Fig. 1).
Në këtë studim morëm 164 mostra nazofaringeale. Për të gjitha llojet e analizave, izolimi dhe amplifikimi i ARN-së u krye duke përdorur metodat dhe kompletet e rekomanduara nga prodhuesit përkatës.
Ky studim tregoi se testi i Abbott për SARS-CoV-2 ka të njëjtën performancë zbulimi si CRS, me 100% përputhshmëri pozitive, negative dhe të përgjithshme. Marrëveshja kappa e Cohen është 1.00, që tregon marrëveshjen e plotë me CRS. Një studim i ngjashëm nga Universiteti i Uashingtonit në SHBA zbuloi se ndjeshmëria dhe specifika e përgjithshme e testit Abbott për SARS-CoV-2 ishte përkatësisht 93% dhe 100%, krahasuar me analizën e përcaktuar nga laboratori (LDA) të CDC. 11. Sistemi i zbulimit të Abbott SARS-CoV-2 bazohet në zbulimin e kombinuar të njëkohshëm të gjeneve N dhe RdRp, pasi të dy gjenet janë më të ndjeshëm, duke minimizuar negativët e rremë12. Një studim në Vjenë, Austri tregoi gjithashtu se vëllimet e mëdha të mostrave të nxjerrjes dhe vëllimet e eluentit të zbulimit minimizuan efektet e hollimit dhe rritën efikasitetin e zbulimit13. Kështu, përputhja e përsosur e Abbott për analizën SARS-CoV-2 mund të shoqërohet me një sistem zbulimi të platformës që zbulon njëkohësisht gjenet kombinuese, nxjerr një numër të madh mostrash (0,5 ml) dhe përdor një sasi të madhe eluenti (40 µl).
Rezultatet tona treguan gjithashtu se performanca e zbulimit të testit gjenetik Daan ishte pothuajse e njëjtë me atë të CRS. Kjo është në përputhje me një studim14 të kryer në Universitetin Anhui në Huainan, Kinë, dhe pretendimin e prodhuesit për një marrëveshje 100% pozitive. Pavarësisht raporteve për rezultate të qëndrueshme, një kampion ishte fals negativ pas ritestimit të të njëjtit eluat, por ishte pozitiv në analizat Abbott SARS-CoV-2 dhe Sansure Biotech nCoV-2019. Kjo sugjeron se mund të ketë ndryshueshmëri në rezultate në lloje të ndryshme të analizave. Megjithatë, në studimin e kryer në Kinë15, rezultati i analizës së Genit Daan ishte dukshëm i ndryshëm (p <0.05) krahasuar me analizën e tyre të referencës të përcaktuar në laborator. Megjithatë, në studimin e kryer në Kinë15, rezultati i analizës së Genit Daan ishte dukshëm i ndryshëm (p <0.05) krahasuar me analizën e tyre të referencës të përcaktuar në laborator. Tem nuk jame, во исследовании, të zbuluara në Kitae15, duke rezultuar në analizë Daan Gene është e rëndësishme (p < 0,05) nga analiza e laboratorit të tillë. Megjithatë, në një studim në Kinë15, rezultati i analizës së Daan Gene ishte dukshëm i ndryshëm (p < 0.05) nga analiza e tyre e referencës laboratorike.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако во исследовании, shpallur në Kinë15, rezultat i testit gjenetik Daan domethënëstelno отличались (p < 0,05) me sravneniyu me ego эtalonnыm laboratornыm testom. Megjithatë, në një studim në Kinë15, rezultatet e testit gjenetik të Daan ishin dukshëm të ndryshme (p <0.05) krahasuar me testin e tij laboratorik referencë.Kjo mospërputhje mund të jetë për shkak të ndjeshmërisë së testit të referencës për të zbuluar SARS-CoV-2 dhe studime të mëtejshme mund të jenë të rëndësishme për të përcaktuar shkakun.
Përveç kësaj, studimi ynë vlerësoi performancën krahasuese të analizës SARS-CoV-2 BGI me CRS, duke treguar një marrëveshje të shkëlqyer të përqindjes pozitive (PPA = 97.9%), marrëveshje me përqindje negative (NPA = 100%) dhe marrëveshje të përgjithshme të përqindjes sipas gjinisë (OPA). ). = 98.8%). Vlerat Kappa të Cohen treguan përputhje të mirë (K = 0,975). Studimet në Holandë16 dhe Kinë15 kanë treguar rezultate të qëndrueshme. Testi SARS-CoV-2 BGI është një test i zbulimit të një gjeni të vetëm (ORF1a/b) duke përdorur 10 µl eluat amplifikimi/zbulimi. Pavarësisht nga pajtimi i mirë statistikor me rezultatet tona të referencës, analiza humbi dy mostra pozitive (1.22%) të kampionit total. Kjo mund të ketë implikime të mëdha klinike për dinamikën e transmetimit në të dy nivelet e pacientit dhe komunitetit.
Një tjetër analizë krahasuese e përfshirë në këtë studim ishte analiza e Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); përqindja e përgjithshme e ndeshjes ishte 96.3%. Forca e marrëveshjes u përcaktua gjithashtu nga vlera Kappa e Cohen, e cila ishte 0,925, që tregon pajtimin e plotë me CRS. Përsëri, rezultatet tona janë identike me studimet e kryera në Universitetin Qendror të Jugut në Changsha, Kinë dhe në Departamentin e Laboratorit Klinik të Spitalit Popullor Liuzhou, Liuzhou City, Kinë17. Edhe pse u regjistrua përputhshmëria e mirë statistikore e mësipërme, testi chi-square (testi MacNemar) tregoi se rezultati i analizës Sansure Biotech ka pasur një ndryshim statistikisht domethënës në krahasim me CRS (p < 0,005). Edhe pse u regjistrua përputhshmëria e mirë statistikore e mësipërme, testi chi-square (testi MacNemar) tregoi se rezultati i analizës Sansure Biotech ka pasur një ndryshim statistikisht domethënës në krahasim me CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное повеќе хорошее статистическое соответствие, kriteret e хи-квадрат (критерий Манемара) pokazal, që rezultojnë në analizën e Sansure Biotech ka vlerën e RS në 0,00 C. Megjithëse u regjistrua marrëveshja e mirë statistikore e mësipërme, testi chi-square (testi McNemar) tregoi se rezultati i analizës Sansure Biotech kishte një ndryshim statistikisht domethënës në krahasim me CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表怎 ，sure ，sure ，结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005……………………………………. S'ka më shumë informacione më të mira, kritere për hi-kvadrat (kriteret e Maknemara) tregojnë një sasi të madhe të ndihmave (p < 0,005) midis analizave Sansure Biotech dhe CRS. Pavarësisht marrëveshjes së mirë statistikore të përmendur më lart, testi chi-square (testi McNemar) tregoi një ndryshim statistikisht domethënës (p <0,005) midis analizës Sansure Biotech dhe CRS.Gjashtë mostra (3.66%) u gjetën të ishin negative të rreme në krahasim me CRS (Tabela Suplementare 1); kjo është shumë e rëndësishme, veçanërisht duke pasur parasysh dinamikën e transmetimit të virusit. Të dhënat e mësipërme mbështesin gjithashtu këtë shkallë të ulët zbulimi15.
Në këtë studim, vlerat e Ct u përcaktuan për çdo analizë dhe platformë përkatëse, me vlerën mesatare më të ulët të Ct të raportuar në analizën Abbott SARS-CoV-2. Ky rezultat mund të lidhet me sistemin e kombinuar të testimit gjenetik të Abbott për zbulimin e SARS-CoV-2. Prandaj, sipas Figurës 1, 87,6% e rezultateve të Abbott SARS-CoV-2 kishin vlera Ct nën 20. Vetëm një numër i vogël i rezultateve të mostrës (12,4%) ishin në intervalin 20-30. Vlerat Ct mbi 30 nuk u regjistruan. Përveç përdorimit të formatit të testimit gjenetik të panelit SARS-CoV-2 nga Abbott, ky rezultat mund të lidhet me kufirin më të ulët të zbulimit (32,5 kopje ARN/mL)18, i cili është tre herë më i ulët se kufiri i poshtëm i kompanisë prej 100 kopjesh ARN/mL. ml) 19.
Ky studim ka disa kufizime: së pari, ne nuk kemi metoda standarde/referenci [të tilla si ngarkesa virale ose teste të tjera laboratorike (LDA)] për shkak të mungesës së burimeve. Së dyti, të gjithë ekzemplarët e përdorur në këtë studim ishin shtupa nazofaringeale, ndërsa rezultatet nuk ishin të zbatueshme për llojet e tjera të mostrave dhe së treti, madhësia e kampionit tonë ishte e vogël.
Ky studim krahasoi performancën e katër analizave rRT-PCR për SARS-CoV-2 duke përdorur mostra nazofaringeale. Të gjitha analizat e zbulimit kishin performancë pothuajse të krahasueshme, me përjashtim të analizës Sansure Biotech. Për më tepër, shkalla e ulët e pozitivitetit u identifikua në analizën Sansure Biotech krahasuar me CRS (p <0.05). Për më tepër, shkalla e ulët e pozitivitetit u identifikua në analizën Sansure Biotech krahasuar me CRS (p <0.05). Krome того, në teste Sansure Biotech был выявлен со përqindje të ulët të përfshira në sravneniyu me CRS (p < 0,05). Për më tepër, testi Sansure Biotech tregoi një përqindje të ulët të rezultateve pozitive në krahasim me CRS (p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05)".此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05)". Krome того, analizuar Sansure Biotech emër më shumë pak më pak se rezultati i saj në CRS (p < 0,05). Për më tepër, analiza e Sansure Biotech kishte një shkallë më të ulët pozitiviteti në krahasim me CRS (p <0.05).Analiza Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) e PPA, NPA dhe marrëveshjes së përgjithshme tejkaluan 93.5% me një fuqi të Cohen Kappa të vlerës së marrëveshjes prej 0.925. Më në fund, Analiza Sansure Biotech (RUO) ka nevojë për vërtetim të mëtejshëm për t'u përdorur në Etiopi, dhe kërkime shtesë duhet të merren parasysh për të vlerësuar pretendimet nga prodhuesit individualë.
Dizajni krahasues i studimit u krye në katër objekte shëndetësore në Addis Ababa, Spitali Eka Kotebe, Qendra e Trajtimit të Kishës së Mijëvjeçarit, Spitali Memorial Zewooditu dhe Spitali Special i Tuberkulozit të Shën Pjetrit. Të dhënat u mblodhën midis 1 dhe 31 dhjetor 2020. Objektet mjekësore për këtë studim u zgjodhën me qëllim, bazuar në numrin e lartë të rasteve dhe disponueshmërinë e qendrave kryesore të trajtimit në qytet. Në mënyrë të ngjashme, instrumentet, duke përfshirë instrumentet PCR në kohë reale ABI 7500 dhe Abbott m2000, u zgjodhën sipas rekomandimeve të prodhuesve të reagentëve NAAT dhe katër komplete zbulimi PCR u zgjodhën për këtë studim, pasi shumica e laboratorëve në Etiopi përdorën të paktën katër prej tyre. Testi i gjeneve, testi Abbott SARS-CoV-2, testi Sansure Biotech dhe testi SARS-CoV-2 BGI i kryer gjatë studimit).
Testimi për SARS-CoV-2 u krye nga 1 deri më 30 dhjetor 2020 duke përdorur 3 ml Medium Transporti Viral (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kinë) nga individë nën hetim për COVID-19 të referuar në EPHI. Mostrat nazofaringeale u mblodhën nga kolektorë të trajnuar të mostrave dhe u dërguan në EPHI në pako të trefishta. Përpara izolimit të acidit nukleik, çdo kampioni i caktohet një numër unik identifikimi. Nxjerrja kryhet nga çdo mostër menjëherë pas mbërritjes duke përdorur metoda të nxjerrjes manuale dhe automatike. Kështu, për nxjerrjen automatike të Abbott m2000, 1,3 ml (përfshirë vëllimin e vdekur 0,8 ml dhe 0,5 ml vëllimin hyrës të nxjerrjes) të kampionit u nxorrën nga çdo mostër dhe kaluan përmes Sistemit të Përgatitjes së Mostrave të ADN-së Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Një grup prej 96 [92 mostrash, dy kontrolle zbulimi dhe dy kontrolle jo shabllone (NTC)] u përfshi në procesin e përgjithshëm (marrjen dhe zbulimin) e dy raundeve të SARS-CoV-2 (EUA) në kohë reale. minierave. Në mënyrë të ngjashme, për nxjerrjen manuale, përdorni të njëjtat mostra (për nxjerrjen dhe zbulimin automatik). Kështu, gjatë gjithë procesit, 140 µl kampione u ndanë dhe u nxorrën duke përdorur Mini Kit ARN Viral QIAamp (QIAGEN GmbH, Hilden, Gjermani) në tufa prej 24 (duke përfshirë 20 mostra, dy kontrolle të analizës dhe dy NTC) gjatë nëntë raundeve. Eluatet e nxjerra manualisht u përforcuan dhe u zbuluan duke përdorur një ciklues termik ABI 7500 duke përdorur analizën SARS-CoV-2 BGI, analizën Daan Gene dhe analizën Sansure Biotech.
Izolimi dhe pastrimi i automatizuar i ARN virale SARS-CoV-2 ndjek parimin e rruazave magnetike duke përdorur reagentët e përgatitjes së mostrës së ADN-së Abbott. Inaktivizimi i mostrave dhe tretja e grimcave virale kryhet duke përdorur një detergjent që përmban izotiocianat guanidine për të denatyruar proteinën dhe për të çaktivizuar RNazën. Më pas ARN-ja ndahet nga proteina me ndarje të fazës së ngurtë duke përdorur silicë, dmth. kripën e guanidiniumit dhe pH alkaline i tamponit të lizës nxisin lidhjen e acideve nukleike me silicën (SiO2). Hapi i shpëlarjes heq proteinat dhe mbeturinat e mbetura për të prodhuar një zgjidhje të pastër. ARN transparente izolohet nga mikrogrimcat e bazuara në silicë duke përdorur fushën magnetike të instrumentit20,21. Nga ana tjetër, izolimi manual dhe pastrimi i ARN-së kryhet me metodën e kolonës spin duke përdorur centrifugimin në vend të një qendre magnetike dhe ndarjen e mikrogrimcave nga eluenti.
Testi i zbulimit të Abbott në kohë reale SARS-CoV-2 (Abbott Molecular, Inc.) u krye sipas udhëzimeve të prodhuesit, i cili mori EUA19,22 nga OBSH dhe FDA. Në këtë protokoll, inaktivizimi i kampionit përpara nxjerrjes u krye në një banjë uji në 56 °C për 30 min. Pas inaktivizimit të virusit, ekstraktimi i acidit nukleik u krye në një instrument Abbott m2000 SP nga 0,5 ml VTM duke përdorur një sistem të përgatitjes së mostrës së ADN-së Abbott m2000. sipas prodhuesit. Amplifikimi dhe zbulimi u krye duke përdorur një instrument Abbott m2000 RT-PCR, dhe zbulimi i dyfishtë u krye për gjenet RdRp dhe N. ROX) dhe VIC P (ngjyrë pronësore) për shënjestrimin dhe zbulimin e kontrolleve të brendshme, duke lejuar zbulimin e njëkohshëm të të dy produkteve të amplifikimit 19 .
Metoda e zbulimit të amplifikimit të këtij kompleti bazohet në teknologjinë RT-PCR me një hap. Gjenet ORF1a/b dhe N u zgjodhën si rajone të konservuara nga Daan Gene Technology për të zbuluar amplifikimin e rajonit të synuar. Primerët specifikë dhe sondat fluoreshente (sondat e gjenit N të etiketuara me FAM, sondat ORF1a/b të etiketuara me VIC) janë krijuar për të zbuluar ARN SARS-CoV-2 në mostra. Eluenti përfundimtar dhe përzierjet kryesore u përgatitën duke shtuar 5 µl eluent në 20 µl të përzierjes kryesore në një vëllim përfundimtar prej 25 µl. Amplifikimi dhe zbulimi u kryen njëkohësisht në një instrument PCR në kohë reale ABI 750024.
Gjenet ORF1a/b dhe N u zbuluan duke përdorur pajisjen diagnostikuese të acidit nukleik Sansure Biotech nCoV-2019 (detektimi PCR fluoreshente). Përgatitni sonda specifike për çdo gjen objektiv duke zgjedhur kanalin FAM për rajonin ORF1a/b dhe kanalin ROX për gjenin N. Kësaj komplete analize, eluenti dhe reagentët kryesorë të përzierjes i shtohen si më poshtë: përgatitni 30 µl reagent të përzierjes kryesore dhe 20 µl kampion të elutur për zbulim/përforcim. PCR në kohë reale ABI 750025 është përdorur për amplifikimin/zbulimin.
Testi SARS-CoV-2 BGI është një çantë rRT-PCR fluoreshente në kohë reale për diagnostikimin e COVID-19. Rajoni i synuar ndodhet në rajonin ORF1a/b të gjenomit SARS-CoV-2, i cili është një metodë e vetme e zbulimit të gjenit. Për më tepër, gjen i ruajtjes së shtëpisë njerëzore β-aktina është një gjen objektiv i rregulluar nga brenda. Përzierja kryesore përgatitet duke përzier 20 µl të reagentit të përzierjes kryesore dhe 10 µl të mostrës së ARN-së së nxjerrë në një pllakë pusi26. Një instrument PCR sasior fluoreshent ABI 7500 në kohë reale u përdor për amplifikimin dhe zbulimin. I gjithë amplifikimi i acidit nukleik, kushtet e ekzekutimit të PCR për çdo analizë dhe interpretimi i rezultateve u kryen sipas udhëzimeve të prodhuesit përkatës (Tabela 3).
Në këtë analizë krahasuese, ne nuk përdorëm metodën standarde të referencës për të përcaktuar përputhshmërinë e përqindjes (pozitive, negative dhe të përgjithshme) dhe parametra të tjerë krahasues për katër analizat. Çdo krahasim testi u bë me CRS, në këtë studim CRS u vendos me rregullin "çdo pozitiv" dhe rezultati u përcaktua, jo nga një test i vetëm, ne përdorëm të paktën dy rezultate të testit të përputhur. Përveç kësaj, në rastin e transmetimit të COVID-19, rezultatet false negative janë më të rrezikshme se rezultatet false pozitive. Prandaj, për të thënë sa më saktë "pozitiv" nga një rezultat CRS, të paktën dy teste të analizës duhet të jenë pozitive, që do të thotë se të paktën një rezultat pozitiv ka të ngjarë të vijë nga një analizë EUA. Kështu, nga katër rezultate të testit, dy ose më shumë rezultate të testit që japin të njëjtin rezultat konsiderohen të vërteta pozitive ose negative18,27.
Të dhënat u mblodhën duke përdorur formularë të strukturuar të nxjerrjes së të dhënave, futja dhe analiza e të dhënave u kryen duke përdorur softuerin statistikor Excel dhe versionin SPSS 23.0 për statistika përshkruese. Përputhja pozitive, negative dhe përqindja e përgjithshme u analizuan dhe u përdor një rezultat Kappa për të përcaktuar shkallën e pajtimit të secilës metodë me CRS. Vlerat Kappa interpretohen si më poshtë: 0,01 deri në 0,20 për marrëveshje të butë, 0,21 deri në 0,40 për marrëveshje të përgjithshme, 0,41-0,60 për marrëveshje të moderuar, 0,61-0,80 për marrëveshje të madhe dhe 0,81-0,99 për marrëveshje të plotë28.
Pastrimi etik u mor nga Universiteti i Addis Abeba dhe të gjitha protokollet eksperimentale për këtë studim u miratuan nga Bordi Shqyrtues i Etikës Shkencore i Institutit të Shëndetit Publik Etiopian. Numri i referencës për Licencën e Etikës EPHI është EPHI/IRB-279-2020. Të gjitha metodat u zbatuan në përputhje me rekomandimet dhe dispozitat e Udhëzimeve Gjithëpërfshirëse Kombëtare Etiopiane për trajtimin e COVID-19. Për më tepër, pëlqimi i informuar me shkrim u mor nga të gjithë pjesëmarrësit e studimit përpara pjesëmarrjes në studim.
Të gjitha të dhënat e marra ose të analizuara në këtë studim janë përfshirë në këtë artikull të botuar. Të dhënat që mbështesin rezultatet e këtij studimi janë në dispozicion nga autori përkatës me kërkesë të arsyeshme.
Organizata Botërore e Shëndetësisë. Rekomandime për strategjitë e testimit laboratorik për COVID-19: Udhëzues i përkohshëm, 21 mars 2020 Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnoza inteligjente në Departamentin e Urgjencës: Gjithçka në praktikë. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnoza inteligjente në Departamentin e Urgjencës: Gjithçka në praktikë.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dhe Gurgulianis, KI Diagnostikimi inteligjent i COVID-19 në departamentin e urgjencës: gjithçka në praktikë.Muliou DS, Pantazopoulos I. dhe Gurgulyanis KI Diagnostikimi inteligjent i COVID-19 në departamentet e urgjencës: integrimi nga fundi në fund në praktikë. Ekspert Reverend Respire. bar. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Vlerësimi i analizës së COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Vlerësimi i analizës së COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL dhe St. George, K. Vlerësimi i analizës së COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL dhe St. George K. Vlerësimi i analizës së COVID19 ID NOW EUA. J. Klinike. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OBSH. Zbulimi laboratorik i sëmundjes koronavirus 2019 (COVID-19) në sëmundje të dyshuar njerëzore. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (qasur më 15 gusht 2020) (OBSH, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnoza e COVID-19: Sëmundjet dhe Mjetet e Testimit. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Krijimi i Kolegjit të Patologëve të Afrikës Lindore, Qendrore dhe Jugore – Shkolla Rajonale e Patologjisë së Lindjes së Mesme dhe Afrikës së Jugut. Afrika. J. Lab. bar. 9 (1), 1-8 (2020).
Instituti Etiopian i Shëndetit Publik, Ministria Federale e Shëndetësisë. Strategjia e Përkohshme Kombëtare dhe Udhëzuesi për Diagnozën Laboratorike të COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (qasur më 12 gusht 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Teste negative të rreme për sfidat dhe implikimet e infeksionit SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Teste negative të rreme për sfidat dhe implikimet e infeksionit SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. dhe Kesselheim AS Testet false-negative për infeksionet SARS-CoV-2 dhe pasojat e tyre.Voloshin S., Patel N. dhe Kesselheim AS Testet false-negative për provokimin dhe ndikimin e infeksionit SARS-CoV-2. N. eng. J. Mjekësi. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Rastet false-pozitive dhe false-negative COVID-19: Strategjitë e parandalimit dhe menaxhimit të frymëmarrjes, vaksinimi dhe perspektiva të mëtejshme. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Rastet false-pozitive dhe false-negative COVID-19: Strategjitë e parandalimit dhe menaxhimit të frymëmarrjes, vaksinimi dhe perspektiva të mëtejshme. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Loжноположительные и ложноотрицательные Rastet COVID-19: infeksione profilaktike dhe strategjie lechenie, vuajtje dhe dëshpërim. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Raste false pozitive dhe false negative të COVID-19: strategjitë e parandalimit dhe trajtimit të frymëmarrjes, vaksinimi dhe rruga përpara.Muliu, DS dhe Gurgulianis, KI Rastet false-pozitive dhe false-negative të COVID-19: strategjitë për parandalimin dhe trajtimin e frymëmarrjes, vaksinimin dhe rrugën përpara. Ekspert Reverend Respire. bar. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnostifikimi i COVID-19 në departamentin e urgjencës: Duke parë pemën, por duke humbur pyllin. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnostifikimi i COVID-19 në departamentin e urgjencës: Duke parë pemën, por duke humbur pyllin.Mouliou, DS, Ioannis, P. dhe Konstantinos, G. COVID-19 Diagnoza në Departamentin e Emergjencave: Shih Pemën, Humbni Pyllin.Muliou DS, Ioannis P. dhe Konstantinos G. Diagnoza e COVID-19 në dhomat e urgjencës: Nuk ka pyll të mjaftueshëm për pemët. Shfaqet. bar. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. etj. Validimi dhe vërtetimi i performancës analitike dhe klinike të analizës Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Klinike. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasoni pesë grupe primerësh nga rajone të ndryshme të gjenomit të COVID-19 për zbulimin e infeksionit të virusit me RT-PCR konvencionale. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasimi i pesë grupeve të primerëve nga rajone të ndryshme gjenomi të COVID-19 për zbulimin e infeksionit të virusit me RT-PCR konvencionale.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. dhe Aflatunyan, B. Krahasimi i pesë grupeve të primerëve nga rajone të ndryshme të gjenomit COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral me RT-PCR konvencionale. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Krahasimi i 5 rajoneve të ndryshme gjenetike të COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral me RT-PCR konvencionale.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. dhe Aflatunyan B. Krahasimi i pesë grupeve të primerëve nga rajone të ndryshme të gjenomit COVID-19 për zbulimin e infeksionit viral me RT-PCR konvencionale.Irani. J. Mikrobiologji. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Rezultatet paraprake të programit kombëtar të vlerësimit të jashtëm të cilësisë për zbulimin e sekuencave të gjenomit SARS-CoV-2. J. Klinike. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Vlerësimi Analitik i Efikasitetit të Pesë Kompleteve RT-PCR për Coronavirus të Sindromës së Rënda Akute Respiratore 2. J. Clinical. laboratori. anusit. 35 (1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Vlerësimi i shtatë kompleteve të zbulimit të ARN-së SARS-CoV-2 të disponueshme në treg në Kinë, bazuar në reaksionin zinxhir polimerazë në kohë reale (PCR). klinike. Kimike. laboratori. bar. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Krahasimi i shtatë kompleteve komerciale të diagnostikimit RT-PCR COVID-19. J. Klinike. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, etj. Krahasimi i performancës diagnostike të dy kompleteve PCR për zbulimin e acideve nukleike SARS-CoV-2. J. Klinike. laboratori. anusit. 34 (10), e23554 (2020).
Lefart, PR, etj. Një studim krahasues i katër platformave të testimit të amplifikimit të acidit nukleik SARS-CoV-2 (NAAT) tregoi se performanca e ID NOW u degradua ndjeshëm në varësi të llojit të pacientit dhe kampionit. diagnoza. mikrobiologjisë. Infektojnë. diss. 99 (1), 115200 (2021).
molekula Abbott. Futja e paketës së analizës së Abbott në kohë reale SARS-CoV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Që nga 10 gusht 2020) (2020).
Klein, S. et al. Izolimi i ARN-së SARS-CoV-2 duke përdorur rruaza magnetike për zbulim të shpejtë në shkallë të gjerë nga RT-qPCR dhe RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).